مطالعه عدم تعادل پیوستگی و شناسایی ساختار بلوکهای هاپلوتیپی در گاوهای سرابی | ||
| تولیدات دامی | ||
| مقاله 3، دوره 20، شماره 1، بهار 1397، صفحه 29-41 اصل مقاله (1.35 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/jap.2018.236405.623221 | ||
| نویسندگان | ||
| حمید مرزبانی1؛ حسین مرادی شهربابک* 2؛ محمد مرادی شهربابک3 | ||
| 1دانشجویی کارشناسی ارشد. گروه علوم دامی، ،دانشگاه تهران | ||
| 2پردیس کشاورزی و منابع طبعیی، دانشگاه تهران، تخصص: ژنتیک و اصلاح نژاد دام/ ژنتیک مولکولی/ بحث ژنومیک | ||
| 3پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشکده علوم زراعی و دامی، تخصص: ژنتیک و اصلاح نژاد دام/ ژنتیک کمی/ تجزیه داده ها/ آمار/ ارزیابی ژنومیک | ||
| چکیده | ||
| این مطالعه به منظور محاسبه الگوی عدم تعادل پیوستگی و تعیین ساختار بلوکهای هاپلوتیپی برای 93 رأس گاو نژاد سرابی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP حاصل از CHIP 40k SNP- شرکت ایلومینا انجام شد. بعد از تعیین ژنوتیپ و کنترل کیفیت دادههای ژنومی، 27386 SNP روی کروموزومهای اتوزومی جهت آنالیز های بعدی مورد استفاده قرار گرفت. عدم تعادل پیوستگی با استفاده از دو آماره r2 و 'D اندازهگیری شد. در این مطالعه میانگین r2 و 'D برای جفت SNPها در دامنه کمتر از 5/2 کیلو جفت باز به ترتیب با مقادیر 505/0 و 927/0 حداکثر و میانگین r2 و 'D برای جفت SNPها در دامنه Mb5-2 به ترتیب با مقادیر 064/0، 486/0 حداقل بود. در ژنوم گاو سرابی 582 بلوک هاپلوتیپی مشاهده شد. درصد پوشش SNPها در بلوکهای هاپلوتیپی از کل SNP ها 73/6 درصد بود که 83/0 درصد (43/21 مگا جفت باز) از ژنوم اتوزومی توسط این بلوکهای هاپلوتیپی پوشش داده شد. اندازه مؤثر جمعیت در طی چهار نسل قبل حدود40 رأس برآورد شد. تعداد کم بلوکهای هاپلوتیپی و همچنین LD پایین بهدست آمده در جمعیت گاو سرابی نشان دهنده تنوع بالا در این جمعیت است. با توجه به نتایج و تعداد بلوکهای هاپلوتیپی در این نژاد، در نظر گرفتن بلوکهای هاپلوتیپی برای انتخاب ژنومی باعث بهبود نتایج و افزایش دقت می شود لذا توصیه میگردد در راستای مطالعات ژنومیکی به جای استفاده از تک نشانگرها از بلوکهای هاپلوتیپی استفاده شود | ||
| کلیدواژهها | ||
| انتخاب ژنومیک؛ چند شکلی تک نوکلئوتیدی؛ کروموزومهای اتوزومی؛ گاو سرابی؛ مطالعات ارتباطی ژنوم | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 983 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 667 |
||