شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی ویروس لکهحلقوی بافت مرده هستهدارها (Prunus necrotic ring spot virus) در درختان میوه هستهدار و دانهدار استان کردستان | ||
| دانش گیاهپزشکی ایران | ||
| مقاله 2، دوره 50، شماره 1، خرداد 1398، صفحه 15-26 اصل مقاله (1.2 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijpps.2018.254029.1006834 | ||
| نویسندگان | ||
| مهدی آذریار1؛ محمد حاجی زاده* 2؛ عبدالباسط عزیزی2؛ مسعود نادرپور3 | ||
| 1دانشجوی سابق کارشناسی ارشد، گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران | ||
| 2استادیار، گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران | ||
| 3استادیار پژوهش، موسسه تحقیقات ثبت و گواهی بذر و نهال، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران | ||
| چکیده | ||
| شمار 149 نمونۀ برگی از درختان میوۀ هستهدار و دانهدار استان کردستان هنگام بهار و تابستان سالهای 1394 و 1396 بهمنظور شناسایی مولکولی و بررسی گوناگونی ژنتیکی عامل لکه حلقوی بافت مردۀ درختان هستهدار جمعآوری شدند و با آغازگرهای اختصاصی ژن پروتئین پوششی PNRSV-F3/PNRSV-R3 آزمون RT-PCR شدند. نتیجهها RT-PCR نشان دادند که 8/20 درصد از نمونهها آلوده به PNRSV بودند. سیزده جدایه بر پایۀ نوع میزبان و منطقۀ جغرافیایی گزینش و پس از تکثیر و پیوست بخشی از ژن پروتئین پوششی آنها به پلاسمید pTG-19 و همسانهسازی در باکتری E. coli تعیین توالی شدند. توالیهای بهدستآمده در سطح نوکلئوتیدی بهطور میانگین 002/0 ± 9/98 درصد با یکدیگر و 006/0 ± 4/94 درصد با دیگر جدایههای موجود در بانک ژن همانندی نوکلئوتیدی نشان دادند. در واکاوی تبارزایی بر پایۀ ترادف نوکلئوتیدی جدایههای PNRSV در سه گروه تبارزایی PV96، PV32 و PE5 قرار گرفتند که سیزده جدایۀ این پژوهش به همراه بیشتر جدایههای ایرانی در گروه تبارزایی PV96 قرار گرفتند. بیشترین همانندی نوکلئوتیدی میان جدایههای هلو از کامیاران (KH10)، زردآلو از سنندج (SZ93) و هلو از دهگلان (D7) با جدایۀ شلیل از ایران (KX353935) با 98 درصد و کمترین همانندی نوکلئوتیدی میان جدایۀ زردآلو از سنندج (SZ26) با جدایۀ آلو از لهستان (DQ983499) با 6/83 درصد همانندی دیده شد. نسبتهای کم جانشینی مترادف به غیر مترادف (dN/dS) در ژن پروتئین پوششی این ویروس روشنگر این نکته است که گزینش منفی نقش بزرگی را در فرگشت این ژن بازی کرده است و بررسی نوترکیبی با نرمافزار RDP v.4.63 نیز نشان داد که در جدایههای موردبررسی در این پژوهش نوترکیبی در این بخش از ژنوم رخ نداده است. | ||
| کلیدواژهها | ||
| پروتئین پوششی؛ گزینش منفی؛ نوترکیبی؛ واکاوی تبارزایی | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 1,321 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 943 |
||