تجزیه فیلوژنتیک و هاپلوگروهی بزهای بومی ایران بر اساس توالی نوکلئوتیدی ناحیه HVR1 ژنوم میتوکندری | ||
| علوم دامی ایران | ||
| مقاله 4، دوره 50، شماره 1، بهار 1398، صفحه 35-46 اصل مقاله (1.03 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2019.272018.653672 | ||
| نویسندگان | ||
| مریم شریعت1؛ غلامرضا داشاب* 2؛ مهدی وفای واله2 | ||
| 1دانشجوی سابق کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح دام، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران | ||
| 2دانشیار ژنتیک و اصلاح دام، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران | ||
| چکیده | ||
| بزهای بومی ایران بهعنوان یکی از ذخایر ژنتیکی ارزشمند محسوب میشوند و حفظ تنوع ژنتیکی آنها حائز اهمیت است. ژنوم میتوکندری در یک اکوتیپ و مقایسه آن با سایر اکوتیپها میتواند شاخص مناسبی از میزان تنوع موجود در آن جمعیت را ارائه دهد. هدف از پژوهش اخیر بررسی ساختار ژنتیکی و ترسیم روابط فیلوژنتیکی ناحیه HVR1 میتوکندری چهار توده جمعیتی بزهای بومی ایران شامل سیستانی، پاکستانی، عدنی و سیاه لری (هر کدام ۴ رأس) و مقایسه آنها با توالی نوکلئوتیدی جایگاه مذکور در دیگر اکوتیپهای بز میباشد. استخراج DNA کل به روش فنل- کلروفرم انجام شد و واکنش تکثیر با استفاده از یک جفت آغازگر اختصاصی انجام گرفت. محصولات تکثیرشده پس از خالصسازی به روش سانگر تعیین توالی شدند. توالیهای مذکور به همراه توالی مشابه از ژنوم میتوکندری مربوط به سایر اکوتیپهای بز بدست آمده از مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی (NCBI) جهت تجزیه ژنتیکی و ترسیم درخت فیلوژنتیکی مورد استفاده قرار گرفت. با بررسی ناحیه HVR1 ژنوم میتوکندری در تودههای مختلف بز در مطالعه حاضر ۱23 جایگاه چندشکلی و 16 هاپلوتیپ شناسایی شد. تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که 15 درصد از تنوع بین جمعیتها و 85 درصد در درون جمعیتها است. کلیه تودههای بز ایران استفاده شده در مطالعه حاضر در گروه هاپلوتیپی A که معمولاً در همه قارهها یافت میشود گروهبندی شدند. مقادیر آمارههای D و Fs تست تاجیما (بهترتیب ۱۴/۲- و ۵۵/۹-) در مطالعه اخیر منفی بود که ممکن است به دلیل کوچک بودن اندازه نمونه مورد استفاده در این مطالعه باشد. نتایج این مطالعه نشان داد توالی نوکلئوتیدی ناحیه HVR1 میتوکندری ابزار مناسبی برای مطالعات ژنتیکی و گروهبندی تودههای جمعیتی بز در ایران و دنیا است. | ||
| کلیدواژهها | ||
| تنوع ژنتیکی؛ روابط فیلوژنتیکی؛ ناحیه دی لوپ؛ هاپلوگروهی | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 688 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 641 |
||