آنالیز بیوانفورماتیکی پروفایلهای بیان افتراقی ژنی مرتبط با استرس گرمایی در سه بافت مغز، کبد و ماهیچۀ ران جوجههای گوشتی مبتنی بر تکنیک ریزآرایه | ||
| علوم دامی ایران | ||
| مقاله 1، دوره 54، شماره 3، پاییز 1402، صفحه 203-223 اصل مقاله (723.75 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2022.334755.653860 | ||
| نویسندگان | ||
| محمد سلیمان اختیاری1؛ آرش جوانمرد* 2؛ فرزاد غفوری3؛ آیه سادات صدر4؛ سیدرضا میرائی آشتیانی5؛ مسعود شیرعلی6 | ||
| 1گروه علوم پایه، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران | ||
| 2گروه مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران | ||
| 3گروه مهندسی علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران | ||
| 4مؤسسۀ تحقیقات علوم شیلاتی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش، اهواز، ایران | ||
| 5گروه مهندسی علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران. | ||
| 6مؤسسۀ تحقیقات کشاورزی، غذا و علوم زیستی، هیلزبرا، انگلستان و استادیار دانشگاه بلفست، بلفست، انگستان | ||
| چکیده | ||
| در صنعت پرورش طیور، استرس گرماییِ ناشی از دمای بالای محیط، بر عملکرد حیوانات تأثیر منفی دارد و به یک چالش اساسی تبدیل شده است. آنالیز پروفایل ترانسکریپتوم دادهها و شناسایی الگوهای بیان افتراقی ژن در بافتهای مرتبط میتواند در کشف سازوکارهای مولکولی مقاوم به استرس حرارتی نقش داشته باشد. در پژوهش حاضر، هدف اصلی استفاده از پروفایل ترانسکریپتوم سه بافت مغز، کبد و ماهیچۀ ران دو دسته از جوجههای گوشتی گروه کنترل و گروه تحت استرس گرمایی، بمنظور شناسایی ژنهای کاندیدای مرتبط با استرس گرمایی است. در تجزیه دادههای ریزآرایه برای مقایسه بیان ژنی، 657 ژن معنیدار (P<0.05) استخراج شد که در مجموع 94 ژن تفاوت بیانی معنیداری نشان دادند (FDR < 0.05, Fold change > ±2). سپس با بررسی حاشیهنویسی ژنهای مربوطه حاصل از آنالیز دادهها و مرور منابع و همچنین شبکه تعاملی پروتئین- پروتئین بازسازی شده، ژنهای هاب شامل ژنهای NSDHL، DHCR24، LSS، FDPS، PCK1، ACTA1، HSP90AA1، HSPA2، HSPB1، HSF1، CRYAB، APOB و IL6 شناسایی شدند. بررسی نتایج حاشیهنویسی این ژنها ثابت کرد که در فرآیند اصلی مسیرهای متابولیک و سیگنالینگ مرتبط با سیستم حملونقل یونی، بیوسنتز استروئیدها، آنتیبادیها و کلسترول، متابولیسم لیپیدها، عملکرد سیستم ایمنی بدن و مسیرهای سیگنالی مختلف مانند کیناز MAP، RET و ERK دارای نقش میباشند. در نهایت پژوهش حاضر میتواند اُفق جدیدی از شواهد را با در نظر گرفتن مسیرهای فعال شده توسط این ژنها برای شناسایی ژنهای مؤثر و درک بهتر فرآیندهای زیستی مرتبط با تنش گرمایی ارائه دهد. | ||
| کلیدواژهها | ||
| استرس گرمایی؛ بیان ژن؛ جوجههای گوشتی؛ ژنهای هاب؛ سیستم بیولوژی | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 4,148 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 697 |
||