پیوندهای مفید
اخبار و اعلانات
آمار
| تعداد نشریات | 158 |
| تعداد شماره‌ها | 6,225 |
| تعداد مقالات | 67,685 |
| تعداد مشاهده مقاله | 114,958,591 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 89,631,625 |
تنوع توالی سیتوکروم-b ژنوم میتوکندی در اسبهای کرد ایران | ||
| علوم دامی ایران | ||
| دوره 54، شماره 2، تیر 1402، صفحه 139-149 اصل مقاله (993.2 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2022.342038.653886 | ||
| نویسندگان | ||
| حسن جلیلیان مجد1؛ شیدا ورکوهی* 1؛ حمیدرضا سیدآبادی2 | ||
| 1گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه رازی، کرمانشاه، ایران. | ||
| 2موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران | ||
| چکیده | ||
| بررسی توالی نوکلئوتیدی ناحیه سیتوکروم-b ژنوم میتوکندری در درون جمعیت‌ها می‌تواند شاخص مناسبی از میزان تنوع موجود در جمعیت مورد مطالعه باشد. تحقیق اخیر به منظور بررسی تنوع ژنتیکی در اسب کرد و رابطه فیلوژنتیکی اسب کرد با سایر نژادهای اسب در دنیا با استفاده از ناحیه سیتوکروم-b انجام شد. بدین منظور از 30 رأس اسب نژاد کرد خون‌گیری بعمل آمد و DNA آن به روش نمکی استخراج گردید، سپس با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ناحیه سیتوکروم-b به طول 1029جفت باز تکثیر و تمام نمونه‌ها بعد از خالص‌سازی توالی‌یابی شدند. قطعه مورد نظر پس از توالی‌یابی، با نرم‌افزار BioEdit ویرایش و قطعة 882 جفت بازی از آن استخراج شد. نمونه‌ها با توالی مرجع اسب به شماره دسترسی (X79547) با استفاده از رویه Clustal-W همردیف شدند. تعداد هاپلوتیپ، جایگاههای نوکلئوتیدی متغیر، تنوع هاپلوتیپی و تنوع نوکلئوتیدی با استفاده از نرم افزار DNASP4.0 تعیین شد. درخت فیلوژنی با استفاده از نرم افزار MEGA6.1 به روش Neighbour-joining ترسیم شد. تعداد 7 هاپلوتایپ با 7 جایگاه نوکلئوتیدی متغیر شناسایی شد. هاپلوتایپهای بدست آمده همگی در هاپلوگروه K قرار گرفتند. میزان تنوع هاپلوتیپی و نوکلئوتیدی به ترتیب 001/0±784/0 و 001/0±00218/0 برآورد شد. ترکیب نوکلئوتیدها در توالی شاخص شامل 27/21% نوکلئوتید A، 77/32% نوکلئوتید C، 15/13% نوکلئوتید G و 87/26% نوکلئوتید Tبود. بر اساس نتایج آنالیز فیلوژنی، اسب کرد از نظر ژنتیکی به نژادهایی از ژاپن، چین ، نژادی از لهستان و عربستان نزدیکتر است، که نشان دهنده تشابه ژنتیکی بیشتر اسب کرد با نژادهای آسیایی و تا حدودی اروپایی می‌باشد.. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| اسب کرد؛ تنوع ژنتیکی؛ ژنوم میتوکندری؛ سیتوکروم b؛ فیلوژنی | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Mitochondrial DNA Cytochrome-b variability in Iranian Kurdish horse | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Hasan Jalilian Majd1؛ Sheida Varkoohi1؛ Hamid Reza Seyedabadi2 | ||
| 1Department of Animal Science, College of Agriculture and Natural Resources, Razi University, Kermanshah, Iran. | ||
| 2Animal Science Research Institute of IRAN (ASRI), Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran. | ||
| چکیده [English] | ||
| Investigation of mitochondrial genome sequence of cytochrome-b region within population can be a good indicator for diversity in the studied population. A recent study was conducted to investigate the genetic diversity in Kurdish horses and phylogenetic relationship of between Kurdish horse with other horse breeds in the world using cytochrome-b region. Blood samples were collected from 30 Kurdish horses and total DNA was extracted by modified salting out method. Cytochrome-b sequences were amplified by primers pairs with 1029 bp length and then were sequenced after purifying. The sequences were trimmed to 882 bp using BioEdit software. The samples were aligned with the horse reference sequence with access number (X79547) using Clustal-W package. Haplotype and polymorphic site numbers, Haplotype and nucleotide diversity were estimated using DNASP4 software. Phylogenetic tree was constructed in MEGA7 software by neighbor joining method. 7 haplotypes with 7 polymorphic site were identified. Whole haplotypes were belonged to K haplogroup. Haplotype and nucleotide diversities were 0.784±0.001 and 0.00218±0.001, respectively. The compositional frequency of consensus sequences was including: A base, 21.27%; C base, 32.77%; G base, 13.15% and T base, 26.87%. According to the phylogenetic analysis, Kurdish horses were genetically more closely related to Japanese and Chinese breeds and one Polish and Saudi Arabian breeds which shows that Kurdish horse has genetic similarities with Asian and some European horse breeds. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Kurdish horse, Genetic Diversity, Mitochondrial Genome, Cyt-b, Phylogeny | ||
| مراجع | ||
|
Apostolidis, A.P., Alifakiotis, T., Mamuris, Z. & Karkavelia, E. (2000). PCR-RFLP analysis of mitochondrial DNA cytochrome b gene among Greek horse breeds. Italian Journal of Zoology, 67, 159-162. Behroozinia, S., Mirhoseini, S.Z., Afraz, F., Sohrabi, A., Mohammadi, S.A., Shahbazi, S. & Dalirsefat, S.P. (2011). Genetic description of two horse breed population, Iranian Turkmen horses in the Turkmen Sahara and Turkmen Jorglan regions using microsatellite markers. Iranian Journal of Animal Science Research, 3(1), 63-66. (In Persian) Bowling, A.T., Valle, A.D. & Bowling, M. (2000). A pedigree-based study of mitochondrial D-loop DNA sequence variation among Arabian horses. Journal of Animal Genetics, 31, 1-7. Cieslak, M., Pruvost, M., Benecke, N., Hofreiter, M., Morales, A., Reissmann, M. & Ludwig, A. (2010). Origin and history of mitochondrial DNA lineages in domestic horses. PLoS ONE, 5, e15311. Devi, K.M. & Ghosh, S.K. (2013). Molecular phylogeny of Indian horse breeds with special reference to Manipuri pony based on mitochondrial D-loop. Molecular Biology Reports, 40, 5861-5867. Esposti, M.D., De Vries, S., Crimi, M., Ghelli, A., Patarnello, T. & Meyer, A. (1993). Mitochondrial cytochrome b: evolution and structure of the protein. Biochimica et Biophysica Acta, 1143, 243–71. Hall, T.A. (1999). BIOEDIT (computer software): a user friendly biological sequence alignment editor and analysis program for windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series, 41, 95-8. Ibrahimpoor, M.T. & Rezaeinejad, Y. (2005). Horse (1th ed.). Isfahan University of Technology. Jansen, T., Forster, P., Levine, M.A., Oelke, H., Hurles, M., Renfrew, C., Weber, J. & Olek K. (2002). Mitochondrial DNA and the origins ofthe domestic horse. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 99, 10905–10. Khalili, M. (2008). Horses and my Expertise. (3th ed.). Zarreh. Kusza, S., Priskin, K., Ivankovic, A., Jedrzejewska, B., Podgorski, T., Jávor, A. & Mihók, S. (2013). Genetic characterization and population bottleneck in the Hucul horse based on microsatellite and mitochondrial data. Biological Journal of the Linnean Society, .109, 54-65. Lippold, S., Matzke, N.J., Reissmann, M. & Hofreiter, M. (2011). Whole mitochondrial genome sequencing of domestic horses reveals incorporation of extensive wild horse diversity during domestication. BMC Evolutionary Biology, 11, 328. Lister, A.M., Kadwell, M., Kaagan, L.M., Jordan, W.C., Richards, M.B. & Stanley, H.F. (1998). Ancient and modern DNA in study of horse domestication. Ancient Biomolecules, 2, 267–280. Liu, G., Xu, C.Q., Cao, Q., Zimmermann, W., Songer, M., Zhao, S.S & K, Hu, D.F. (2014). Mitochondrial and pedigree analysis in Przewalski’s horse populations: implications for genetic management and reintroductions. Mitochondrial DNA, 25, 313-318. Luís, C., Bastos-Silveira, C., Cothran, E. G. & do Mar Oom, M. (2006). Iberian origins of New World horse breeds. Journal of Heredity, 97, 107-113. McGahern, A., Bower, M.A.M., Edwards, C.J., Brophy, P.O., Sulimova, J., Zakharov, I., Vizuete-Forster, M., Levine, M., Li S., MacHugh, D. E. & Hill, E.W. (2006). Evidence for biogeographic patterning of mitochondrial DNA sequences in Eastern horse populations. Animal Genetics, 37, 494–7. Moridi, M., Masoudi, A.A., Vaez Torshizi, R. & Hill, E.W. (2012). Mitochondrial DNA D-loop sequence variation in maternal lineages of Iranian native horses. Animal Genetics, 44, 209–213. Qin, F., Wang, X., Zhang, Y., Zhang, M., Li, X. & Lei, C. (2009). Analyses on mtDNA cytb genetic diversity in Lichuan horse. Hubei Agricultural Sciences, 12, 11-12. Rozas, J., Sánchez-DelBarrio, J.C., Messeguer, X. & Rozas, R. (2003). DnaSP, DNA polymorphism analyses by the coalescent and other methods. Bioinformatics, 19, 2496-2497. Sziszkosz, N., Mihók, S., Jávor, A. & Szilvia, K. (2016). Genetic diversity of the Hungarian Gidran horse in two mitochondrial DNA markers. PeerJ, 4, e1894. Thompson, J.D., Higgins, D.G. & Gibson, T.J. (1994). CLUSTAL W (computer software): Improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Research, 22, 4673–80. Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A. & Kumar, S. (2013). MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Molecular Biology and Evolution, 30, 2725–2729. Vila, C., Leonard, J.A., Gotherstrom, A., Marklund, S., Sandberg, K., Liden, K., Wayne, R.K. & Ellegren, H. (2001). Widespread origins of domestic horse lineages. Science, 291, 474–7. Xiao, X., Yang, S., Lin, D., Wang, Y. & Hua, Y. (2016). The complete mitochondrial genome and phylogenetic analysis of Chinese Jianchang horse (Equus caballus). Cloning and Transgenesis, 5(149), p.2. Xu, X. & Arnason, U. (1994). The complete mitochondrial DNA sequence of the horse, Equus caballus: extensive heteroplasmy of the control region. Gene, 148, 357–62. Yue, X.P., Qin, F., Campana, M.G., Liu, D.H., Mao, C.C., Wang, X.B., Lan, X.Y., Chen, H. & Lei, C.Z. (2012). Characterization of cytochrome b diversity in Chinese domestic horses. Animal Genetics, 43, 624-626. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 164 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 168 |
||