مطالعه تنوع تعداد کپی روی کروموزوم جنسی در برخی از نژادهای گوسفند ایرانی | ||
| علوم دامی ایران | ||
| مقاله 4، دوره 54، شماره 3، پاییز 1402، صفحه 253-266 اصل مقاله (973.91 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2022.346185.653899 | ||
| نویسندگان | ||
| هادی یزدانی1؛ محسن قلی زاده* 1؛ ایوب فرهادی2؛ محمدحسین مرادی3 | ||
| 1گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران | ||
| 2گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری ، ایران | ||
| 3گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه اراک، اراک، ایران | ||
| چکیده | ||
| تنوع تعداد کپی (CNV) یکی از مهمترین تغییرات ساختاری در ژنوم است که نقش مهمی در واریانس ژنتیکی صفات اقتصادی دارند. در این مطالعه CNVها و نواحی تنوع تعداد کپی (CNVR) روی کروموزوم جنسی سه نژاد گوسفند بومی ایرانی شامل نژادهای دنبه دار بلوچی و لریبختیاری و نژاد بدون دنبه زل بررسی شدند. ژنوتیپ 50 K نمونهها جمعآوری و CNVها برای هر فرد با استفاده از نرم افزار PennCNV شناسایی شدند. سپس کنترل کیفیت CNVها با فیلترهای مختلف انجام شد و CNVRها با استفاده از نواحی همپوشان CNVها با استفاده از نرم افزار CNVRuler v1.5 شناسایی شدند. در مجموع، تعداد 37، 11 و 4 CNV از نوع اضافه به ترتیب روی کروموزوم X گوسفند بلوچی، زل و لری-بختیاری شناسایی شد. کمترین، بیشترین و میانگین طول CNVهای شناسایی شده، به ترتیب 94477، 1293154 و 447694 جفتباز در نژاد بلوچی ، 271819، 906644 و 674854 جفتباز در نژاد زل و 99705، 306525 و 167913 جفتباز در نژاد لری بختیاری بود. پس از ادغام CNVها به ترتیب تعداد 30، 10 و 4 CNVR در این سه نژاد شناسایی شد که همگی از نوع اضافه بودند. بررسی عمکلرد ژنهای نواحی CNVR نشان داد که برخی از این ژنها (VEGF، VAM21، TRPC5، NDUFA1، APLN وTNMD) با متابولیسم چربی در ارتباط بودند. حاشیهنویسی ژنها برای عملکرد مولکولی، به طور معنیداری در مسیر arylsulfatase activity غنی سازی شدند که در تولید مثل نقش دارد. مطالعات بیشتر روی این مناطق CNV می تواند به شناسایی واریانتهای سببی موثر بر متابولیسم چربی در گوسفند کمک نماید. | ||
| کلیدواژهها | ||
| گوسفند CNV؛ SNP؛ PennCNV | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 818 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 504 |
||