بررسی ساختارهای جوامع و خرده جوامع دامی به روش خوشهبندی شبکهای بدون نظارت با استفاده از نشانگرهای ژنتیکی متراکم | ||
| علوم دامی ایران | ||
| مقاله 7، دوره 46، شماره 3، 1394، صفحه 277-287 اصل مقاله (584.72 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2015.56422 | ||
| نویسندگان | ||
| جواد رحمانی نیا1؛ سید رضا میرائی آشتیانی* 2؛ حسین مرادی شهربابک3 | ||
| 1دانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد، گروه مهندسی علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج | ||
| 2استاد، گروه مهندسی علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج | ||
| 3استادیار، گروه مهندسی علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج | ||
| چکیده | ||
| رشد روزافزون اطلاعات حاصل از تعیین ژنوتیپ نمونهها بهویژه با استفاده از توالییابی چندشکلیهای تکنوکلئوتیدی (SNP) سبب تحول در تجزیهوتحلیل دقیق ساختار جوامع در گونههای مختلف شده است. تاکنون از روشهای مختلفی برای بررسی ساختار جمعیتی با استفاده از نشانگرهای موجود در کل ژنوم استفاده شده است که هرکدام نقاط ضعف و قوتی دارند. در بررسی حاضر از خوشهبندی شبکهای بدون نظارت یا SPC که روشی مبتنی بر دادهکاوی است، برای بررسی ساختار جوامع شبیهسازیشده و کشف خردهجوامع موجود استفاده شد. هدف از بهکاربردن این روش، دستیابی به ساختار جمعیتی بدون هیچگونه آگاهی از اطلاعات شجرهای افراد بود. در شبیهسازی انجامگرفته بدین منظور پس از ویرایش دادهها، 29209 نشانگر اتوزومی از 159 دام، تجزیهوتحلیل شدند. نتایج نشان داد که حیوانات براساس شباهتها و تفاوتها بهخوبی در جوامع مربوطه قرارگرفتند و خردهجوامع موجود نیز درون هر جمعیت نمایان شدند. مزیت اصلی این روش، کارایی محاسباتی بالا و نیازنبودن به فرضهای پیشین در آن است؛ بنابراین به محقق این امکان را میدهد که ساختار جوامع متشکل از هزاران حیوان را بدون داشتن هرگونه اطلاعاتی از شجره و نژاد، تجزیهوتحلیل کند. | ||
| کلیدواژهها | ||
| چندشکلیهای تکنوکلئوتیدی؛ خوشهبندی شبکهای بدون نظارت؛ دادهکاوی؛ ساختار جمعیتی | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 2,173 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 912 |
||