تعداد نشریات | 161 |
تعداد شمارهها | 6,552 |
تعداد مقالات | 70,701 |
تعداد مشاهده مقاله | 124,569,596 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 97,773,768 |
شناسایی و تجزیه و تحلیل miRNA ها و ایزومیرهای جدید و ژنهای هدف آنها در گاوهای شیری مبتلا به ورم پستان | ||
تولیدات دامی | ||
مقاله 1، دوره 18، شماره 4، دی 1395، صفحه 647-659 اصل مقاله (830.74 K) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/jap.2016.58923 | ||
نویسندگان | ||
الهام جعفری1؛ محمدرضا بختیاری زاده* 2؛ عبدالرضا صالحی3 | ||
1دانشجو | ||
2پردیس ابوریحان، تخصص: ژنتیک و اصلاح نژاد دام/ ژنتیک مولکولی/ بیوانفورماتیک | ||
3lهیئت علمی | ||
چکیده | ||
ورم پستان یکی از بیماریهای عفونی غدد پستان است که هزینههای زیادی را به صنعت گاو شیری تحمیل میکند. مکانیسم تنظیمی این بیماری پیچیده بوده و تحت کنترل ژنهای تنظیمی مختلفی قرار دارد. در مطالعه حاضر به منظور درک بهتر عناصر تنظیمی درگیر در بیماری ورمپستان، نمونههای شیر گاوهای سالم و آلوده در طی سری زمانی صفر، ۱۲، ۳۶،۲۴ و ۴۸ ساعت پس از آلودگی جمعآوری گردید. دادههای miRNA-seq از نمونههای شیر بدست آمد و با استفاده از روشهای بیوانفورماتیکی پیشرفته، miRNAهای جدید، ژنهای هدف آنها، عملکرد احتمالی آنها، ایزومیرها و همچنین miRNA*های جدید شناسایی شد. نتایج منجر به شناسایی نود و دو miRNA جدید شد که تعداد بیست و شش miRNA دارای ژن همولوگ و شصت و شش miRNA فاقد ژن همولوگ در دیگر گونهها بود. بررسی گروه-های کارکردی ژنهای هدف، مؤید نقش miRNAهای جدید در بسیاری از مکانیسمهای مقابله با التهاب و آلودگی از جمله، پاسخ به تحریکات داخلی و خارجی، مرگ سلولی و تولید ایمنوگلوبین است. همچنین علاوه بر این، صد و سی و پنجmiRNA* جدید نیز شناسایی شد. در مطالعه حاضر ۴۹۳ ایزومیر جدید شناسایی شد که در گونههایی نظیر انسان و موش دارای عملکردهای مرتبط با ایمنی میباشند. بر اساس نتایج حاصل از این مطالعه ژنهای هدف miRNAهای جدید در مسیرهای مرتبط با بیماری ورم پستان از جمله ایمنی، مرگ سلولی و التهاب نقش دارند و این مطلب میتواند مؤید نقش احتمالی و تنظیمی miRNAهای جدید شناسایی شده در بروز ورم پستان باشد. | ||
کلیدواژهها | ||
التهاب؛ پاسخ ایمنی؛ توالییابی نسل بعد؛ سیستم پستانی؛ miRNA-seq | ||
عنوان مقاله [English] | ||
Identification and analysis of new miRNAs and isomirs and their targets in cows exposed to mastitis | ||
چکیده [English] | ||
Bovine mastitis is an inflammation disease of the mammary gland that impose considerable costs to the dairy industry. Regulatory mechanisms of this disease is complex and controlled by various gene regulatory elements and more studies are needed to better understand this disease. In the present study aimed to better understand of regulatory elements involved in mastitis, milk samples of two groups of healthy and infected cows during time series of 0, 12, 24, 36 and 48 hours after contamination were collected. The miRNA-seq data obtained from the milk samples and using the advanced bioinformatics, novel miRNAs, their targets and probability functions, isomirs and novel miRNAs* were identified. The results led to the identification of 92 novel miRNA including 26 miRNAs with homologous and 66 miRNAs without homologous genes in other species. Investigation of the functional groups of predicted targets genes, confirmed the roles of new miRNAs in response to internal and external stimulations, apoptosis and production of immunoglobulin. Furthermore, 135 novel miRNAs were identified. Also, 493 novel isomeric sibling miRNAs (isomers) were discovered that immune related functions of these isomirs were demonstrated in some species like human and mouse. Identification of miRNAs target genes with associated functions in mastitis, including safety, apoptosis and inflammation, can indicated the possible regulatory roles of the identified miRNAs in mastitis. | ||
کلیدواژهها [English] | ||
Immune, inflammation, Mammary system, miRNA-seq, Next generation sequencing | ||
مراجع | ||
| ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 1,259 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 471 |