سامانه پشتیبانی خدمات اطلاعات

  اخبار و اعلانات

 آمار

تعداد نشریات161
تعداد شماره‌ها6,532
تعداد مقالات70,504
تعداد مشاهده مقاله124,122,658
تعداد دریافت فایل اصل مقاله97,230,746
ناصرخیل, معصومه, میرائی آشتیانی, سید رضا, صادقی, مصطفی, نجاتی جوارمی, اردشیر, لی, دکهوان. (1395). چندشکلی ژن دی آسیل گلیسرول آسیل ترانسفراز 1 (DGAT1) در جمعیت گاومیش‌های ایران. , 47(2), 175-183. doi: 10.22059/ijas.2016.59022
معصومه ناصرخیل; سید رضا میرائی آشتیانی; مصطفی صادقی; اردشیر نجاتی جوارمی; دکهوان لی. "چندشکلی ژن دی آسیل گلیسرول آسیل ترانسفراز 1 (DGAT1) در جمعیت گاومیش‌های ایران". , 47, 2, 1395, 175-183. doi: 10.22059/ijas.2016.59022
ناصرخیل, معصومه, میرائی آشتیانی, سید رضا, صادقی, مصطفی, نجاتی جوارمی, اردشیر, لی, دکهوان. (1395). 'چندشکلی ژن دی آسیل گلیسرول آسیل ترانسفراز 1 (DGAT1) در جمعیت گاومیش‌های ایران', , 47(2), pp. 175-183. doi: 10.22059/ijas.2016.59022
ناصرخیل, معصومه, میرائی آشتیانی, سید رضا, صادقی, مصطفی, نجاتی جوارمی, اردشیر, لی, دکهوان. چندشکلی ژن دی آسیل گلیسرول آسیل ترانسفراز 1 (DGAT1) در جمعیت گاومیش‌های ایران. , 1395; 47(2): 175-183. doi: 10.22059/ijas.2016.59022

چندشکلی ژن دی آسیل گلیسرول آسیل ترانسفراز 1 (DGAT1) در جمعیت گاومیش‌های ایران

علوم دامی ایران
مقاله 2، دوره 47، شماره 2، شهریور 1395، صفحه 175-183    اصل مقاله (631.8 K)
نوع مقاله: مقاله پژوهشی
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2016.59022
نویسندگان
معصومه ناصرخیل1؛ سید رضا میرائی آشتیانی* 2؛ مصطفی صادقی3؛ اردشیر نجاتی جوارمی3؛ دکهوان لی4
1دانشجوی دکتری گروه علوم دامی، دانشکده علوم و مهندسی کشاورزی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران
2استاد، گروه علوم دامی، دانشکدۀ علوم و مهندسی کشاورزی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
3دانشیار گروه علوم دامی، دانشکده علوم و مهندسی کشاورزی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران
4استاد گروه بیوتکنولوژی حیوانی، دانشگاه هنک‌یونگ، انسئونگ، کرۀ جنوبی
چکیده
دی آسیل گلیسرول آسیل ترانسفراز1 (DGAT1) آنزیم کلیدی در ساخت (سنتز) تری گلیسیرید است. ایجاد یک جهش جایگزینی باعث تبدیل گوانین به آدنین و منجر به جایگزینی لیزین با آلانین در آنزیم می­شود که در گاو تأثیری بزرگ بر شیر و ترکیب‌های آن دارد. در این تحقیق، چندشکلی در ناحیۀ اگزون 3 تا اگزون 17 ژن DGAT1 در سه تودۀ بومی گاومیش­های ایران بررسی شد. استخراج DNA از پیاز مو با استفاده از کیت استخراج DNA از 200 رأس گاومیش (خوزستانی، شمالی و آذری) انجام گرفت و قطعه­های موردنظر از روش واکنش زنجیره­ای پلیمراز (PCR) افزایش شدند. تعیین ژنوتیپ با روش توالی­یابی مستقیم انجام شد و با نرم‌افزار BioEdit تجزیه‌وتحلیل صورت گرفت. تجزیۀ توالی‌یابی در موقعیت­های نوکلئوتیدی g.6097A>G، g.7036C>T، g.7338G>A، g.7710C>T،g.8087C>T ،g.8259G>A ،g.8275G>A  و g.8426C>T چندشکلی­های گزارش نشده‌ای (جدیدی) را در ژن DGAT1 در مقایسه با توالی موجود در بانک ژن (DQ886485) درون جمعیت گاومیش­ها نشان داده است. در مقایسه با گاومیش هندی 3 جهش در ناحیۀ اگزونی نشان داده شد که یکی از آن‌ها جهش نامترادف بود. یک جهش درج­شدگی 22 نوکلئوتیدی در اینترون 10 مشاهده شد. این نتایج گویای تنوع در توالی ژنتیکی قطعۀ بررسی‌شده در جمعیت گاومیش­های ایران است و از این تنوع می­توان در بررسی‌های ژنتیکی و اصلاح نژادی بهره جست.
کلیدواژه‌ها
تجزیه‌وتحلیل توالی‌یابی؛ ژن DGAT1؛ چندشکلی؛ گاومیش ایران
عنوان مقاله [English]
Investigation of polymorphism of DGAT1 gene in Iranian buffaloes
نویسندگان [English]
Masoumeh Naserkheil1؛ Seyed Reza Miraie-Ashtiani2؛ Mostafa Sadeghi3؛ Ardeshir Nejati-Javaremi3؛ Deukhwan Lee4
1Ph.D. Student, Department of Animal Science, University College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Karaj
2Professor, Department of Animal Science, University College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Karaj, Iran
3Associate Professors, Department of Animal Science, University College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran
4Professor, Department of Animal Biotechnology, Graduate School of Bio. & Technology, Hankyong National University
چکیده [English]
Diacylglycerol acyltransferase1 (DGAT1) is a key enzyme in synthesis of triglycerides. A transition mutation resulting substitution of guanine by adenine in DGAT1 gene and substitution of lysine by alanine in diacylglycerol-acyltransferase enzyme in cattle has a major effect on milk yield and milk composition traits. In this research, the polymorphism of the region spanning exon 3 to exon 17 of the DGAT1 gene of three indigenous Iranian buffalo populations was investigated. A total number of samples of 200 buffaloes (Khuzestani, Shomali and Azari) were collected to extract DNA and the desired fragments were amplified by polymerase chain reaction (PCR). Genotyping was performed using direct sequencing and analyzed by BioEdit software. Sequence analysis showed novel SNPs in comparative to the reference sequence GenBank (DQ886485) at nucleotide positions g.6097A>G, g.7036C>T, g.7338G>A, g.7710C>T, g.8087C>T, g.8259G>A, g.8275G>A and g.8426C>T of DGAT1 gene in buffalo populations. A comparison with Indian buffalo revealed three exonic SNPs, one of which was non-synonymous. A Unique 22 base insertion has been observed in the intron 10. The results described here genetic diversity and could be useful in genetic and breeding programs in Iranian buffalo.
کلیدواژه‌ها [English]
DGAT1 gene, Iranian buffalo, sequence analysis, SNPs
مراجع
  1. Alinaghizadeh, R., Mohammad Abadi, M.R. & Moradnasab Badrabadi, Sh. (2007). Kappa-casein gene study in Iranian Sistani cattle breed (Bos indicus) using PCR-RFLP. Pakistan Journal of Biological Sciences, 10(23), 4291-4294.
  2. Angiolillo, A., Amills, M., Urrutia, B., Domenech, A., Sastre, Y., Badaoui, B. & Jordana, J. (2007). Identification of a single nucleotide polymorphism at intron 16 of the caprine acyl-coenzymeA: Diacylglycerolacyltransferase 1 (DGAT1) gene. Journal of Dairy Research, 74, 47-51.
  3. Anonymous. Statistical Center of Iran (2012). Available from: http://www.amar.org.ir/.
  4. Borghese, A. (2005). Buffalo International Organizations. Buffalo production and research, 297.
  5. Bovenhuis, H. & Schrooten, C. (2002). Quantitative trait loci for milk production trait in dairy cattle. In: Proceedings of the 7th World Congress on Genetics applied to Livestock Production, Montpellier, France.
  6. Grisart, B., Coppieters, W., Farnir, F., Karim, L., Ford, C., Berzi, P., Cambisano, N., Mni, M., Reid, S., Simon, P., Spelman, R., Georges, M. & Snell, R. (2002). Positional candidate cloning of a QTL in dairy cattle: identification of a missense mutation in the bovine DGAT1 gene with major effect on milk yield and composition. Genome Research, 12, 222-231. 
  7. Heydarian, D., Miraei-Ashtiani, S. R. & Sadeghi, M. (2014). Study on DGAT1-exon8 Polymorphism in Iranian Buffalo. International Journal of Advanced Biological and Biomedical Research, 2(7), 2276-2282.
  8. Javanmard, A., Mohammadabadi, M.R., Zarrigabayi, G.E., Gharahedaghi, A.A., Nassiry, M.R., Javadmansh, A., Asadzadeh, N. (2008). Polymorphism within the intron region of the bovine leptin gene in Iranian Sarabi cattle (Iranian Bos taurus). Russian Journal of Genetics, 44(4), 495-497.
  9. Kharrati Koopaei, H., Mohammad Abadi, M.R., Ansari Mahyari, S., Esmailizadeh Koshkoiyeh, A., Tarang, A.R., Potki, P. (2012). Effect of DGAT1 variants on milk composition traits in Iranian Holstein cattle population. Animal Science Papers and Reports, 3, 231-239.
  10. Kharrati Koopaei, H., Mohammad Abadi, M.R., Ansari Mahyari, S., Esmailizadeh Koshkoiyeh, A., Tarang, A.R., Nikbakhti, M. (2011). Genetic Variation of DGAT1 Gene and its Association with Milk Production in Iranian Holstein Cattle Breed Population. Iranian Journal of Animal Science Research, 3, 185-192. (in Farsi)
  11. Mao, Y., Chen, R., Chang, L., Chen, Y. & Ji, D. (2012). Effects of SCD1-and DGAT1-genes on production traits of Chinese Holstein cows located in the Delta Region of Yangtze River. Livestock Science, 145, 280-286.
  12. Mishra, B., Tantia, M. S., Kumar, S. T. B. & Vijh, R. K. (2007). Characterization of the DGAT1gene in the Indian buffalo (Bubalusbubalis). Genetics and Molecular Biology, 30, 1097-1100.
  13. Mohammadi, A., Nassiry, M.R., Mosafer, J., Mohammadabadi, M.R., Sulimova, G.E. (2009). Distribution of BoLA-DRB3 allelic frequencies and identification of a new allele in the Iranian cattle breed Sistani (Bos indicus). Russian journal of genetics, 45(2), 198-202.
  14. Naderfard, H. R. & Qanemy, A. W. (1997). Buffalo breeding in Islamic Republic of Iran. In: Proceedings of 5th World Buffalo Congress, Caserta, Italy.
  15. Nei, M. (1977). F-statistics and analysis of gene diversity in subdivided populations. Annals of Human Genetics London. 41, 225-233.
  16. Ozdil, F. & Ilhan, F. (2012). DGAT1-exon8 polymorphism in Anatolian buffalo. Livestock Science, 149, 83-87.
  17. Pimentel, E. C. G., Erbe1, M., König, S. & Simianer, H. (2011). Genome partitioning of genetic variation for milk production and composition traits in Holstein cattle. Frontiers in Genetics, 2, 1-11.
  18. Rahmaninia, J. (2015) Population structure analysis within Iranian buffalo breeds using dense SNP markers. PhD Thesis in Animal Breeding and Genetics, Dept. Animal Science, University of Tehran.
  19. Raut, A. A., Kumar, A., Kala, S. N., Chhokar, V. & Rana, N. (2012). Identification of novel single nucleotide polymorphisms in the DGAT1 gene of buffaloes by PCR-SSCP. Genetics and Molecular Biology, 35, 610-613.
  20. Riquet, J., Coppieters, W., Cambisano, N., Arranz, J. J., Berzi, P., Davis, S. K., Grisart, B., Farnir, F., Karim, L., Mni, M., Simon, P., Taylor, J. F., Vanmanshoven, P., Wagenaar, D., Womack, J. E. & Georges, M. (1999). Fine-mapping of quantitative trait loci by identity by descent in outbreed populations: application to milk production in dairy cattle. In: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 16, 9252–9257.
  21. Ruzina, M.N., Shtyfurko, T.A., Mohammadabadi, M.R., Gendzhieva, O.B., Tsedev, T., Sulimova, G.E. (2010). Polymorphism of the BoLA-DRB3 gene in the Mongolian, Kalmyk, and Yakut cattle breeds. Russian journal of genetics, 46 (4), 456-463.
  22. Spelman, R. J., Ford, C. A., McElhinney, P., Gregory, G. C. & Snell, R. G. (2002). Characterization of the DGAT1 gene in the New Zealand dairy population. Journal of Dairy Science, 85, 3514-3517.
  23. Tantia, M. S., Vijh, R. K., Mishra, B. P., Mishra, B., Kumar, B. ST. & Sodhi, M. (2006). DGAT1 and ABCG2 polymorphism in Indian cattle (Bos indicus) and buffalo (Bubalus bubalis) breeds. Bio Med Central Veterinary Research, 2, 32.
  24. Thaller, G., Kramer, W. & Winter, A. (2003). Effects of DGAT1 variants on milk production traits in German cattle breeds. Journal of Animal Science, 81, 1911-1918.
  25. Venkatachalapathy, R. T., Sharma, A., Battacharta, T. K. & Sukla, S. (2013). Single nucleotide polymorphism in DGAT1 locus of Indian cattle and buffalo breeds. Animal Genetic Division, 3, 68-71.
  26. Weller, J. I., Golik, M., Seroussi, E., Ezra, E. & Ron, M. (2003). Populationwide analysis of a QTL affecting milk-fat production inthe Israeli Holstein population. Journal of Dairy Science, 86, 2219-2227.
  27. Winter, A., Kramer, W., Werner, F. A. O., Kollers, S., Kata, S., Durstewitz, G., Buitkamp, J., Womack, J. E., Thaller, G. & Fries, R. (2002). Assotion of a lysine-232/alanine polymorphism in a bovine gene encoding acyl coA:diacylglycerolacyltransferase (DGAT1) with variation at a quantitative trait locus for milk fat content. In: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 99, 9300-9505.
  28. Xu, Q. L., Chen, Y. L., Ma, R. X. & Xue, P. (2009). Polymorphism of DGAT1 associated with intramuscular fat-mediated tenderness in sheep. Journal of the Science of Food and Agriculture, 89(2), 232-237.
  29. Yuan, J., Zhou, J., Deng, X., Hu, X. & Li, N. (2007). Molecular cloning and single nucleotide polymorphism detection of buffalo DGAT1 gene. Biochemical Genetic, 45, 611-621.
آمار
تعداد مشاهده مقاله: 1,521
تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 1,048


سامانه مدیریت نشریات علمی. قدرت گرفته از سیناوب