مقایسة روشهای PCA و DAPC در تجزیهوتحلیل ساختار جمعیتی گاومیشهای ایران با تراشههای اسنیپ 90k | ||
| علوم دامی ایران | ||
| مقاله 1، دوره 48، شماره 2، 1396، صفحه 153-161 اصل مقاله (654.74 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2017.213547.653461 | ||
| نویسندگان | ||
| زهرا عزیزی1؛ حسین مرادی شهر بابک* 2؛ محمد مرادی شهر بابک3 | ||
| 1دانشجوی سابق دکتری ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشکدة کشاورزی، دانشگاه تبریز | ||
| 2استادیار گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج | ||
| 3استاد گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج | ||
| چکیده | ||
| اطلاع از ساختار ژنتیکی جمعیت دامها در راستای اجرای بهتر برنامههای اصلاح نژادی و حفظ ذخایر ژنتیکی آنها بسیار ارزشمند است. دادههای ژنگانی (ژنومی) فرصتی برای حل پیچیدگی تاریخچة تکاملی جمعیتها و بازسازی رویدادهای تاریخی نادر، را فراهم میآورند. در این پژوهش برای ارزیابی ساختار جمعیتی گاومیشهای ایران روشهای تجزیهوتحلیل مؤلفههای اصلی (PCA) و تجزیهوتحلیل جداسازی مؤلفههای اصلی (DAPC) اجرا شد. از شمار 404 گاومیش از سه نژاد شمالی، آذری و خوزستانی خونگیری شد و تعیین ژنوتیپ با تراشههای اسنیپ 90k توسط شرکت پادانو در کشور ایتالیا انجام شد. نتایج بهدستآمده از تجزیة مؤلفههای اصلی و تجزیة جداسازی مؤلفههای اصلی، جداسازی سه نژاد را بهخوبی نشان داد و هر دو تصویر آشکاری از ساختار ژنتیکی جمعیتهای مورد بررسی را نشان دادند. در روش DAPC، برای ارزیابی شمار بهینة خوشه با معیار ارزیابی BIC، K=3 بهترین نتیجه را نشان داد. نتایج اعتبارسنجی متقابل برای نگهداشتن شمار مؤلفة اصلی بهینه برای تجزیهوتحلیل تشخیصی، 50 مؤلفة اول MSE کمتری نسبت به مؤلفههای دیگر داشت. در این بررسی روش DAPC احتمال عضویت افراد جمعیتها را با درستی 100 درصد پیشبینی کرد ولی روش PCA قادر به ارزیابی گروهها نبوده و برای به دست آوردن تصویر روشن از واریانس بین جمعیتها DAPC مناسبتر از PCA عمل میکند. روش DAPC در بررسی ساختار جمعیتی نسبت به روش PCA به دلیل افزایش واریانس بین گروهها و کاهش واریانس درون گروهها و همچنین ارائة تصویر آشکاری از ساختار جمعیتی کارآمد بود و میتواند در کنترل کیفیت و تصحیح لایهبندی جمعیتی در بررسیهای ارتباطی جایگزینی برای PCA باشد. | ||
| کلیدواژهها | ||
| تراشههای اسنیپ؛ ساختار جمعیتی؛ گاومیش؛ PCA؛ DAPC | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 2,168 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 1,372 |
||