مدلسازی شبکۀ ژنی و کاوشگری در برخی از بافتهای گونۀ گاو با استفاده از دادههای ریزآرایۀ DNA | ||
| علوم دامی ایران | ||
| مقاله 12، دوره 49، شماره 2، تابستان 1397، صفحه 297-310 اصل مقاله (427.24 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2018.245955.653583 | ||
| نویسندگان | ||
| امین مرتضوی1؛ امیر رشیدی* 2؛ مصطفی قادری-زفرهئی3؛ پرهام مرادی4؛ محمد رزم کبیر5 | ||
| 1دانشجوی دکتری، ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران | ||
| 2استاد، ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران | ||
| 3استادیار زیست سامانههای محاسباتی، گروه علوم دامی دانشگاه یاسوج، یاسوج، ایران | ||
| 4دانشیار رایانه، گروه مهندسی کامپیوتر، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران | ||
| 5دانشیار، ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران | ||
| چکیده | ||
| هدف از این پژوهش، شناسایی ژنها و کاوشگرهای هاب ناشی از ایجاد شبکههای بیزی در دادههای بیان ژن و کاوشگری در بافتهای مختلف گونۀ گاو با استفاده از دادههای ریزآرایۀ DNA بود. با استفاده از دادههای خام بیان ژن و کاوشگری در هر بافت، ژنها و کاوشگرهایی که عامل بیشترین میزان واریانس بیان ژن بودند، شناساییشده و سپس شبکۀ بیزی، برای آنها برازش داده شد. ژنها و کاوشگرهای هاب با استفاده از نسبت فراسنجههای درجۀ درون و بیرون شناسایی شدند. اندازۀ پوشش مارکفی در شبکههای مختلف متفاوت بود که بهاحتمال بیانگر وجود زیرساختارهای ساختارشناختی (توپولوژیکی) برای شبکههای یادشده در بافتهای مختلف است. در روش شبکۀ ژن محور، در بافت ماهیچۀCBR1 ،LOC788826 ، در بافت پستانیNID2 ، COL5A2، LOC616942،FXYD3 ، در بافت کبدی LOC100132279،MGC127133 ، MBOAT2،CLDN2 ، ANKRD1، در بافت رحم IGFBP1، DGAT2، CKMT1، ISG15، CKMT1 و در بافت تخمدانLOC286871 وINHBA بهعنوان ژنهای هاب شناسایی شدند. همچنین در روش ایجاد شبکۀ کاوشگر محور، مشخص شد که دو ژن JSP.1 و BOLA-DQB در بافتهای کبد و رحم فعال هستند. ولی این ژنها در روش ژن محور در ایجاد شبکۀ ژنی بهعنوان ژن هاب استخراج نشدند. | ||
| کلیدواژهها | ||
| توپولوژی؛ شبکۀ بیزی؛ هاب | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 777 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 502 |
||