سامانه پشتیبانی خدمات اطلاعات

  اخبار و اعلانات

 آمار

تعداد نشریات162
تعداد شماره‌ها6,578
تعداد مقالات71,072
تعداد مشاهده مقاله125,684,752
تعداد دریافت فایل اصل مقاله98,914,273
دقیقی, سعید, علیزاده, زهره, حبیبی, هما. (1399). بررسی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ‌های عناب (‏Ziziphus jujuba Mill.‎‏) کلکسیون مرکز تحقیقات و آموزش ‏کشاورزی و منابع طبیعی استان خراسان جنوبی با استفاده از نشانگرهای ‏SSR‏ و ‏RAPD. , 51(1), 203-214. doi: 10.22059/ijhs.2019.271913.1564
سعید دقیقی; زهره علیزاده; هما حبیبی. "بررسی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ‌های عناب (‏Ziziphus jujuba Mill.‎‏) کلکسیون مرکز تحقیقات و آموزش ‏کشاورزی و منابع طبیعی استان خراسان جنوبی با استفاده از نشانگرهای ‏SSR‏ و ‏RAPD". , 51, 1, 1399, 203-214. doi: 10.22059/ijhs.2019.271913.1564
دقیقی, سعید, علیزاده, زهره, حبیبی, هما. (1399). 'بررسی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ‌های عناب (‏Ziziphus jujuba Mill.‎‏) کلکسیون مرکز تحقیقات و آموزش ‏کشاورزی و منابع طبیعی استان خراسان جنوبی با استفاده از نشانگرهای ‏SSR‏ و ‏RAPD', , 51(1), pp. 203-214. doi: 10.22059/ijhs.2019.271913.1564
دقیقی, سعید, علیزاده, زهره, حبیبی, هما. بررسی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ‌های عناب (‏Ziziphus jujuba Mill.‎‏) کلکسیون مرکز تحقیقات و آموزش ‏کشاورزی و منابع طبیعی استان خراسان جنوبی با استفاده از نشانگرهای ‏SSR‏ و ‏RAPD. , 1399; 51(1): 203-214. doi: 10.22059/ijhs.2019.271913.1564

بررسی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ‌های عناب (‏Ziziphus jujuba Mill.‎‏) کلکسیون مرکز تحقیقات و آموزش ‏کشاورزی و منابع طبیعی استان خراسان جنوبی با استفاده از نشانگرهای ‏SSR‏ و ‏RAPD

علوم باغبانی ایران
دوره 51، شماره 1، خرداد 1399، صفحه 203-214    اصل مقاله (827.62 K)
نوع مقاله: مقاله پژوهشی
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijhs.2019.271913.1564
نویسندگان
سعید دقیقی* 1؛ زهره علیزاده1؛ هما حبیبی2
1استادیار، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بیرجند
2دانشجوی کارشناسی ارشد، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بیرجند
چکیده
عناب (Ziziphus jujuba Mill.) با کشت طولانی مدت در ایران، دارای ارزش و اهمیت دارویی و اقتصادی می‌باشد. اطلاع از تنوع ژنتیکی جهت مدیریت مؤثر و کارآمد منابع ژنتیکی، شناسایی گونه‌ها و روابط ژنتیکی بین آنها مفید خواهد بود. برای ارزیابی تنوع ژنتیکی 25 درخت عناب کلکسیون مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان خراسان جنوبی، از 16 آغازگر RAPD و 22 جفت آغازگر SSR استفاده شد. هر دو نشانگر چندشکلی بالایی نشان دادند. قدرت تمایز نشانگرها با درصد چندشکلی، شاخص محتوای اطلاعات چندشکلی (PIC)، قدرت تفکیک (RP)، شاخص نشانگر (MI) و شاخص مؤثر چندگانه (EMR) مقایسه شد. آغازگرهای RAPD، 108 و در مقابل آغازگرهای SSR، 118 باند چندشکل تکثیر کردند. مقدار متوسط PIC ، EMR و  MIدر نشانگر SSR (به‌ترتیب 47/0، 36/5 و 58/2) نسبت به نشانگر RAPD (به‌ترتیب 19/0، 55/3 و 76/0) بیشتر بود. به‌هرحال نشانگر RAPD مقدار RP بیشتری (92/9) نسبت به SSR (10/2) نشان داد. گروه‌بندی نمونه‌ها براساس دندروگرام ترسیم شده به‌روش UPGMA نشان داد که پاجوش‌های حاصل از یک ژنوتیپ از هم تفکیک شدند که نشان از وقوع جهش سوماتیکی در بین آنها بود. دندروگرام حاصل از ترکیب داده‌های SSR و RAPD، اکثر پاجوش‌ها از ژنوتیپ‌های یکسان را در خوشه‌های یکسانی قرار داد.
کلیدواژه‌ها
الیگونوکلئوتید؛ پاجوش؛ جهش سوماتیکی؛ ریزماهواره؛ ژرم‌پلاسم
عنوان مقاله [English]
Evaluation of genetic diversity in south Khorasan province Agricultural and Natural ‎Resources Research and Education Center Collection jujube genotypes (Ziziphus ‎jujuba Mill.) using SSR and RAPD markers
نویسندگان [English]
Saeid Daghighi1؛ Zohreh Alizadeh1؛ Homa Habibi2
1Assistant Professor, Faculty of Agriculture, University of Birjand, Birjand, Iran
2M. Sc. Student, Faculty of Agriculture, University of Birjand, Birjand, Iran
چکیده [English]
Jujube (Ziziphus jujuba Mill.) is cultivated for a long time in Iran, which has medicinal and economic value. In order to effective management of genetic sources, identifying species and determination on the genetic relationships between them, knowledge of genetic diversity will be helpful. To evaluate genetic diversity of 25 trees collected from South Khorasan Agricultural and Natural Resources Research and Education Center Collection, 16 RAPD and 22 SSR primers were used. Both the markers showed highly polymorphic. Distinctive power of two markers were compared using percent of polymorphism, polymorphic information content (PIC), resolving power (RP), marker index (MI) and effective multiplex ratio (EMR). RAPDs produced 108 polymorphic bands, while SSRs amplified 118 polymorphic bands. SSRs showed higher PIC, EMR and MI (0.47, 5.36, 2.58, respectively) than RAPDs (0.19, 3.55, 0.76, respectively). However, RP of RAPDs (9.92) higher than to SSRs (2.10). The dendrogram drawn with UPGMA cluster analysis showed that root-suckers of the same rootstock were separated from each other, which is indicative of the occurrence of somatic mutation among them. Dendrogram derived from the combination of SSR and RAPD datas, divided most of root-suckers from the same rootstock into same clusters.
کلیدواژه‌ها [English]
Germplasm, microsatellite, oligonucleotide, root-sucker, somatic mutation‎
مراجع
  1. Abbasi, S., Malekzaheh Shafarodi, S., Ghos, K. & Shahryari, F. A. (2011). Genetic diversity evaluation of jujube ecotypes using RAPD molecular marker. Iranian Journal of Field Crops Research, 10(3) 583-590. (in Farsi)
  2. Ahmed, N., Mir, J. I., Rashid, R., Wani, S. H., Shafi, W., Mir, H. & Sheikh, M. A. (2012). SSR and RAPD analysis of genetic diversity in walnut (Juglans regia L.) genotypes from Jammu and Kashmir, India. Physiology and Molecular Biology of Plants, 18(2), 149-160.
  3. Ainsworth, C., Beynon, J. & Buchanan-Wollaston, V. (1996). Techniques in plant biology: The practical manual. Wye College, University of London, UK.
  4. Ally, D., Ritland, K. & Otto, S. P. (2008). Can clone size serve as a proxy for clone age? An exploration using microsatellite divergence in Populus tremuloides. Molecular Ecology, 17, 4897-4911.
  5. Bai, R. X. (2008). Studies on genetic diversity and core collections construction of Ziziphus jujuba germsplasm resources using AFLP and SRAP marker. Ph.D. Thesis, Agricultural University of Hebei, China.
  6. Bhandari, H. R., Bhanu, N. A., Srivastava, k., Singh, M. N. & Shreya, I. (2017). Assessment of genetic diversity in crop plant- an overview. Advances in Plants & Agriculture Research, 7(3), 1-8.
  7. Chen, J., Li, Z., Maiwulanjiang, M., Zhang, W. L., Zhan, J. Y., Lam, C. T., Zhu, K. Y., Yao, P., Choi, R. C., Lau, D. T., Dong, T. T. & Tsim, K. W. (2013). Chemical and biological assessment of Ziziphusjujuba fruits from China: different geographical sources and developmental stages. Journal of Agricultural and Food Chemistry 61, 7315-7324.
  8. Daghighi, S. (1999). Survey of methods of propagation of jujube tree. M.Sc. Thesis. Faculty of Agriculture, Tarbiat Modares University, Iran, 85p. (In Farsi)
  9. D'Amato, F. (1997). Role of somatic mutations in the evolution of higher plants. Caryologia, 50(1), 1-15.
  10. Devanshi, A. K., Singh, A. K., Sharma, P., Singh, B., Singh, R. & Singh, N. K. (2007). Molecular profiling and genetic relationship among ber (Ziziphus sp.) genotypes using RAPD markers. The Indian Journal of Genetics and Plant Breeding, 67(2), 121-127.
  11. Diao, Y., Han, H., Jiang, J. & Zheng, Y. (2014). RAPD Analysis of Different Ziziphus jujuba Mill. Varieties. Hubei Agricultural Sciences, from http://en.cnki.com.cn/Article_en/CJFDTOTAL-HBNY201401035.htm.
  12. Doyle, J. J.  & Doyle, J. L. (1987). A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochemical Bulletin, 19, 11- 15.
  13. Eisen, J.A. (1999). Mechanistic basis for microsatellite instability. In: Golstein, D.B. & Schlötterer, C. (Ed). Microsatellites. Evolution and Applications. (pp. 34-48) Oxford University Press,.
  14. Fu, P. C., Zhang, Y. Z., Ya, H. Y. & Gao, Q. B. (2016). Characterization of SSR genomic abundance and identification of SSR markers for population genetics in Chinese jujube (Ziziphus jujuba Mill.). PeerJ, 4, e1735.
  15. Garkava-Gustavsson, L., Mujaju, C., Sehic, J., Zborowska, A., Backes, G. M., Hietaranta, T. & Antonius, K. (2013). Genetic diversity in Swedish and Finnish heirloom apple cultivars revealed with SSR markers. Scientia Horticulturae, 162, 43-48.
  16. Govindaraj, M., Vetriventhan, M. & Srinivasan, M. (2014). Importance of genetic diversity assessment in crop plants and its recent advances: An overview of its analytical perspectives. Journal of Genetics Research International, 2015, 1-14.
  17. Hamilton, M. B. (2009). Population genetics. Chichester, UK: Wiley-Blackwell. 407 pp.
  18. Jarni, K., Jakse, J. & Brus, R. (2015). Vegetative propagation: linear barriers and somatic mutation affect the genetic structure of a Prunus avium L. stand. Forestry, 88, 612-621.
  19. Karim, K., Rawda, A., Hatem, C. M., Mbarek, B. N. & Mokhtar, T. (2008). Analysis of genetic diversity and reltionships in local Tunisian barley by RAPD and SSR analysis. African Journal of Biotechnology, 9(44), 7429-7436.
  20. Li, L., Peng, J. Y. & Bai, R. X. (2009). Study on phylogenetic relationship of Chinese ziziphus. Acta Horticulturae Sinica, 36(4), 475-480.
  21. Li, J. D., Bi, H. T., Li, Z. S. & Feng, J. C. (2008). Genetic analysis of Ziziphus jujuba ' Huizao' using ISSR markers. Acta Horticulturae, 840, 135-142.
  22. Lian, C., Oishi, R., Miyashita, N& . Hogetsu, T. (2004). High somatic instability of a microsatellite locus in a clonal tree, Robinia pseudoacacia. Theoretical and Applied Genetics,108, 836-841.
  23. Liu, M. J., Zhao, J., Cai, Q. L., Liu, G. C., Wang, J. R., Zhao, Z. H., Liu, P., Dai, L., Yan, G. J., Wang, W. J., Li, X. S., Chen, Y., Sun, Y. D., Liu, Z. G., Lin, M. J., Xiao, J., Chen, Y. Y., Li, X. F., Wu, B., Ma, Y., Jian, J. B., Yang, W., Yuan, Z., Sun, X. C., Wei, Y. L., Yu, L. L., Zhang, C., Liao, S. G., He, R. J., Guang, X. M., Wang, Z., Zhang, Y. Y. & Luo, L. H. (2014). The complex jujube genome provides insights into fruit tree biology. Nature Communication 5,5315.
  24. Liu, P., Jianying, P., Siqi, P., Junyi, Z. & Li, D. (2005). Study on systematic relationships of Ziziphus jujuba and Ziziphus spinosa using RAPD technique. Scientia Silvae Sinica. 2, 182-185.
  25. Liu, Z., Zhang, L., Xue, C., Fang, H., Zhao, J. & Liu, M. (2017). Genome-wide identification and analysis of MAPK and MAPKK gene family in Chinese jujube (Ziziphus jujuba Mill.). BMC Genomics, 18, 855.
  26. Ma, Q. H., Wang, G. X. & Liang, L. S. (2011). Development and characterization of SSR markers in Chinese jujube (Ziziphus jujuba Mill.) and its related species. Scientia Horticulturae 129(4),597–602.
  27. Ministry of Agriculture Jihad. (2017). Agricultural Statistics: Horticultural crop (3). From https://www.maj.ir
  28. Peng, J. Y., Shu, H. R. & Peng, S. Q. (2002). To address the problem of infraspecific classification of Ziziphus jujuba Mill. Using RAPD data. Acta PhytotaxonomicaSinica, 40, 89-94.
  29. Peng, J. Y., Shu, H. R., Sun, Z. X. & Peng, S. Q. (2000). RAPD Analysis of germplasm resources on Chinese date. Acta Horticulturae Sinica, 27(3), 171-176.
  30. Sherry, M., Smith, S., Patel, A., Harris, P., Hand, P., Trenchard, L. & Henderson, J. (2011). RAPD and microsatellite transferability studies in selected species of Prosopis (section Algarobia) with emphasis on Prosopis juliflora and P. pallida. Journal of Genetics, 90, 251-264.
  31. Singh, A. K., Singh, R. & Singh,  N. K. (2009). Comparative evaluation of genetic relationships among ber (Ziziphus sp.) genotypes using RAPD and ISSR markers. Indian Journal of Genetics and Plant Breeding, 69(1), 50-57
  32. Slatkin, M. (1985). Somatic mutations as an evolutionary force. In: Evolution-essays in honour of John Maynard-Smith, (pp. 19-30.) Cambridge University Press, Cambridge.
  33. Song, Y., Fan, L., Chen, H., Zhang, M., Ma, Q., Zhang, S. & Wu, J. (2014). Identifying genetic diversity and a preliminary core collection of Pyrus pyrifolia cultivars by a genome-wide set of SSR markers. Scientia Horticulturae, 167, 5e16.
  34. Vezzulli, S., Leonardelli, L., Malossini, U., Stefanini, M., Velasco, R. & Moser, C. (2012) Pinot blanc and Pinot gris arose as independent somatic mutations of Pinot noir. Journal of Experimental Botany, 63, 6359-6369.
  35. Wang, S., Liu, Y., Ma, L., Liu, H., Tang, Y., Wu, L., Wang, Z., Li, Y., Wu, R. & Pang, X. (2014). Isolation and characterization of microsatellite markers and analysis of genetic diversity in Chinese jujube (Ziziphus jujuba Mill.). PLoS ONE, 9:e99842.
  36. Welsh, J. & McClelland, M. (1990). Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers. Nucleic Acids Research 18, 7213-7218.
  37. Williams, J. G., Kubelik, A. R., Livak, K. J., Rafalski, J. K. & Tingey, S. K. (1990). DNA polymorphism samplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids Research 18, 6531-6535.
  38. Xu, C., Gao, J., Du, Z., Li, D., Wang, Z., Li, Y. & Xiaoming, P. (2016). Identifying the genetic diversity, genetic structure and a core collection of Ziziphus jujuba Mill. var. jujuba accessions using microsatellite markers. Scientific Reports, 6:31503.
  39. Zhang, C., Huang, J., Yin, X., Lian, C. & Li, X. (2014). Genetic diversity and population structure of sour jujube, Ziziphus acidojujuba. Tree Genetics & Genomes, 11 (1), 809.
  40. Zhang, Z., Gao, J., Kong, D., Wang, A., Tang, S., Li, Y. & Pang, X. (2015). Assessing genetic diversity in Ziziphus jujuba ‘Jinsixiaozao’ using morphological and microsatellite (SSR) markers. Biochemical Systematics and Ecology, 61, 196-202.
  41. Zhao, J., Jian, J., Liu, G., Wang, J., Lin, M., Ming, Y., Liu, Z., Chen, Y., Liu, X. & Liu, M. (2014). Rapid SNP discovery and a RAD-based high-density linkage map in Jujube (Ziziphus Mill.). PLoS ONE, 9(10), 1-8.
آمار
تعداد مشاهده مقاله: 382
تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 288





سامانه مدیریت نشریات علمی. قدرت گرفته از سیناوب