مطالعه مقایسهای پوشش ترانسکریپتومی و چندشکلیهای تکنوکلئوتیدی ژنوم میتوکندری در گاو هلشتاین (Bos taurus) در مقابل کلیستانی (Bos indicus) | ||
| علوم دامی ایران | ||
| دوره 53، شماره 3، پاییز 1401، صفحه 187-201 اصل مقاله (449.09 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2022.328058.653839 | ||
| نویسندگان | ||
| احمد تمروسی1؛ غلامرضا داشاب* 2؛ محمد حسین بنابازی3؛ علی مقصودی4 | ||
| 1دانش آموخته کارشناس ارشد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران | ||
| 2دانشیار ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران | ||
| 3دانشیار ژنتیک و اصلاح دام، بخش پژوهشهای بیوتکنولوژی، موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران | ||
| 4دانشیار ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی و بیوانفورماتیک، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران | ||
| چکیده | ||
| هدف از انجام پژوهش حاضر، بررسی دلایل اختلاف بیان ژن بسیار فاحش بین دو زیر گونه گاو هلشتاین و کلیستانی و اهمیت ژنهای میتوکندری این دو نژاد شامل COX1، COX2، COX3، ND1 وND2 میباشند که در فرآیندهای مهمی از جمله متابولیسم انرژی، در مقابله با تنشهای زیستی و غیرزیستی و نیز مقاومت به بیماری نقش دارند. در این مطالعه از داده های RNA-Seq مربوط به ادغام 40 نمونه از مرکز گاو شیری دانشگاه ویسکانسین آمریکا (Bos taurus) و 45 گاو ماده کلیستانی (Bos indicus) در مزرعه گوجایتپیر شهر باهاوالپور واقع در ایالت پنجاب پاکستان استفاده شد. جهت بررسی سطح پوشش ترانسکریپتومی و اختلافات ژنتیکی که شامل نواحی چندشکلی، نواحی حذف و اضافه و نواحی اتصال بود از نرم افزار IGB استفاده شد. همچنین جهت تعیین مکان نواحی چندشکل و محاسبه درصد انواع جایگزینیهای انتقالی و تقاطعی نوکلئوتیدها و همردیفسازی توالیها نرمافزارهای MEGA6 و DnaSPV.5 استفاده شدند. نتایج حاصل از این مطالعه، بیانگر این بود که ژن COX1 به طول 1542 جفت باز، بیشترین سطح پوشش ترانسکریپتومی (کاوریج) در ژنوم میتوکندری را دارا بود و کمترین سطح پوشش ترانسکریپتومی مربوط به ژن ND1 بود. در بین ژنهای میتوکندری، ژن COX1 بیشترین میزان حذف و اضافه را نشان داد که در نژاد هلشتاین بیشتر از کلیستانی بود. تعداد نواحی چندشکل در جایگاه COX1 بیشتر از سایر ژنها و برابر با 19 ناحیه بود. همچنین نتایج نشان داد که درصد جایگزینی تک نوکلئوتیدی انتقالی در بازها بیشتر از جایگزینی تک نوکلئوتیدی تقاطعی میباشد که دلیل پایداری تغییرات در طی نسلهای متفاوت هستند. بنابراین، دلایل احتمالی تفاوت بیان ژنهای mtDNA میتواند در نتیجه تفاوت در اتفاقات فرآیندهای حذف و اضافه، پوشش ترانسکریپتوم و نواحی چندشکلی باشند. | ||
| کلیدواژهها | ||
| بیان ژن؛ پوشش ترانسکریپتومی؛ کلیستانی؛ حذف و اضافه؛ هلشتاین | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 647 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 436 |
||