روش تجزیه و تحلیل شبکۀ همبیانی ژنی وزندار و کاربرد آن در ژنتیک و اصلاح نژاد دام و طیور | ||
| علمی- ترویجی (حرفهای) دامِستیک | ||
| دوره 22، شماره 2 - شماره پیاپی 23، پاییز 1401، صفحه 5-13 اصل مقاله (1.74 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله علمی- ترویجی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/domesticsj.2022.344763.1098 | ||
| نویسندگان | ||
| وحید دهقانیان ریحان1؛ مصطفی صادقی* 2؛ فرزاد غفوری1 | ||
| 1دانشجوی دکتری تخصصی ژنتیک و اصلاح نژاد دام و طیور، گروه مهندسی علوم دامی، دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران ، کرج، البرز، ایران | ||
| 2دانشیار ژنتیک و اصلاح نژاد دام و طیور، گروه مهندسی علوم دامی، دانشکدگان کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج، البرز، ایران | ||
| چکیده | ||
| در میان انواع مختلف شبکهها، شبکههای همبیانی ژنی بیشترین انعطافپذیری را برای بررسی صفات مختلفی همچون صفات عملکردی و تولیدمثلی، بیماریها و غیره دارند. همبیان بودن ژنها عموماً به همبستگی بین ژنها در سطوح رونوشت اشاره دارد، همچنین از طرفی دیگر میتواند در تمام مقیاسهای بیولوژیکی (مانند پروتئینها، متابولیتها و یا به صورت ترکیبی بین رونوشتها، پروتئینها و متابولیتها) برای مطالعۀ روابط همبستگی بین ژنها استفاده شود. شبکههای همبیانی تا حدی به دلیل امکان بهرهگیری از فناوریهایی مانند ریزآرایهها، RNA-Seq و طیفسنجی جرمی محبوب شدهاند، چرا که امکان بررسی واسطههای مولکولی در مقیاسهای بیولوژیکی مختلف به روشی ساده و در تعداد نسبتاً زیادی نمونه را فراهم میکند. همچنین، با استفاده از این روش اندازهگیری معنیداری بیان همزمان ژنها از نظر بیولوژیکی در انواع سلولهای خاص امکانپذیر است. به عنوان یک مقایسه، بیشتر شبکههای تعاملی پروتئین با پروتئین (PPI) صرفاً نشاندهندۀ تعاملات کلی بین ژنها میباشند که اشارهای به نوع سلول و بخش زمانی بیان ژنها ندارند، در حالی که شبکههای همبیانی ژنی را میتوان با استفاده از دادههای به دست آمده از انواع سلولهای خاص از افراد مختلف (بالادست و پاییندست در مورد یک صفت فنوتیپی مانند افراد با باروری بالا و پایین) و در سراسر مراحل رشد بازسازی کرد. یکی از پرکاربردترین الگوریتمها برای ساخت شبکههای همبیانی ژنی، تجزیه و تحلیل شبکۀ همبیانی ژنی وزندار (WGCNA) است که به دلیل استفادۀ گسترده از آن در بسیاری از مطالعات همبیانی، توضیح نحوۀ عملکرد آن آموزنده خواهد بود. بنابراین شناسایی ماژولها، ژنها و مسیرهای متابولیکی- سیگنالینگ مرتبط با صفات مختلف مورد مطالعه با استفاده از روش WGCNA، ممکن است بینش جدیدی در رابطه با مکانیسمهای مولکولی را نشان دهند. در واقع هدف از این مطالعه، ارائه توضیحات اجمالی در رابطه با روش تجزیه و تحلیل شبکۀ همبیانی ژنی وزندار و کاربرد آن در ژنتیک و اصلاح نژاد دام و طیور است. | ||
| کلیدواژهها | ||
| WGCNA؛ ترانسکریپتوم؛ سیستم بیولوژی؛ شبکههای همبیانی ژنی | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 731 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 563 |
||