پیوندهای مفید
اخبار و اعلانات
آمار
| تعداد نشریات | 157 |
| تعداد شماره‌ها | 6,057 |
| تعداد مقالات | 66,181 |
| تعداد مشاهده مقاله | 111,586,872 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 86,219,851 |
شناسایی نواحی ژنومی تحت انتخاب مثبت برای سازگاری با ارتفاع بالا در گوسفندان ایرانی | ||
| علوم دامی ایران | ||
| مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 17 تیر 1402 اصل مقاله (1.08 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2023.353223.653925 | ||
| نویسندگان | ||
| زهرا پتی آبادی1؛ محمد رزم کبیر* 1؛ علی اسمعیلی زاده کشکوئیه2؛ محمدحسین مرادی3؛ امیر رشیدی1 | ||
| 1گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران | ||
| 2دانشگاه شهید باهنر کرمان، دانشکده کشاورزی، بخش علوم دامی، دکترای ژنتیک و اصلاح نژاد | ||
| 3گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه اراک، اراک، ایران | ||
| چکیده | ||
| شناسایی نشانه‌های انتخاب اطلاعاتی در مورد مراحل تکامل گونه‌های مختلف از جمله گوسفند که منجر به تغییراتی در سطح ژنوم آنها در طی سالیان متمادی می‌شود، فراهم می‌کند. هدف از این مطالعه شناسایی نشانه‌های ژنومی انتخاب در گوسفندان مناطق مرتفع کشور ایران بود. برای این منظور از آرایه‌های ژنومیIllumina ovine SNP600K BeadChip 58 راس گوسفند از 4 نژاد که دو نژاد در مناطق مرتفع و دو نژاد در مناطق پست پراکنده‌اند، استفاده شد. جهت شناسایی نواحی ژنومی تحت انتخاب از دو آزمون آماری برآوردگر نااریب FST (تتا) و hapFLK استفاده شد. با استفاده از آزمون تتا، 22 منطقه ژنومی به عنوان مناطق تحت انتخاب شناسایی شدند. در آزمون hapFLK نیز 15 منطقه ژنومی شناسایی شد. به طور کل در این دو آزمون ژن‌های متعددی با عملکرد متفاوت مانند ژن‌های موثر بر سازگاری با شرایط هیپوکسی، خون‌سازی، ایمنی‌زایی، مقابله با عفونت، تنظیم فشار خون، پاسخ به درد و التهاب و سرکوب سرطان شناسایی شد. ژن TXNDC5 روی کروموزوم 13 به شرایط هیپوکسیک واکنش نشان می‌دهد. FANCA بر روی کروموزوم 14 نیز نقش مهمی در خون‌سازی ایفا می‌کند. همچنین ژن‌هایی همچون LEF1، NMUR1، PTMA و COPS7B بر ایمنی‌زایی و مقابله با عفونت موثرند. با توجه به اینکه تحقیقات کمی در رابطه با سازگاری با ارتفاع در گوسفندان انجام شده است، لذا نتایج این تحقیق می‌تواند اطلاعات سودمندی در رابطه با ژن‌های موثر بر سازگاری با ارتفاع ارائه دهد. به هر حال، به منظور شناسایی و بررسی دقیق‌تر جهش‌های عامل در ژن‌ها و QTLهای شناسایی شده ضروری است که مطالعات بیشتری صورت گیرد. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| آزمون FST؛ آزمون hapFLK؛ ارتفاع از سطح دریا؛ پویش ژنومی؛ نشانه‌های انتخاب | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Detection of of genomic regions under positive selection in adapting to high altitude in Iranian sheep | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Zahra Patiabadi1؛ Mohammad Razmkabir1؛ Ali Esmailizadeh2؛ Mohammad Hossein Moradi3؛ Amir Rashidi1 | ||
| 1Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, University of Kurdistan, Sanandaj, Iran | ||
| 2Department of Animal Science, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, Iran | ||
| 3Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, University of Arak, Arak, Iran | ||
| چکیده [English] | ||
| Selective signatures provides information about the stages of evolution of different species, including sheep, which lead to changes in their genome over many years. The aim of this study was to identify the Selective signatures in sheep in the highlands of Iran. For this purpose, Illumina ovine SNP600K BeadChip genomic arrays of 58 sheep from 4 breeds were used, two breeds are scattered in the highlands and two breeds are scattered in the lowlands. Unbiased method of Weir and Cockerham’s FST (Theta) and hapFLK was used to detect the selection signatures. The results of Theta revealed 22 genomic regions and The results of hapFLK revealed 15 genomic regions. In general, in these two tests, there are many genes with different functions, such as genes affecting adaptation to hypoxia conditions, hematopoiesis, immunity, fighting infection, regulating blood pressure, responding to pain and inflammation and suppressing cancer. TXNDC5 gene on chromosome 13 reacts to hypoxic conditions. FANCA on chromosome 14 also plays an important role in hematopoiesis. Also, genes such as LEF1, NMUR1, PTMA and COPS7B are effective in immunogenicity and fighting infection. Due to the fact that little research has been done regarding adaptation to altitude in sheep, the results of this research can provide useful information regarding the genes affecting adaptation to altitude. Anyway, in order to identify and examine the identified genes and QTLs more closely, it is necessary to carry out more studies. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Selection Signature, altitude, Genomic scanning, FST test, hapFLK test | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 115 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 4 |
||