پیوندهای مفید
اخبار و اعلانات
آمار
| تعداد نشریات | 158 |
| تعداد شماره‌ها | 6,232 |
| تعداد مقالات | 67,773 |
| تعداد مشاهده مقاله | 115,235,793 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 89,981,588 |
تشخیص مولکولی Paecilomyces formosus در جنگل های زاگرس با استفاده از آغازگرهای اختصاصی | ||
| دانش گیاهپزشکی ایران | ||
| دوره 54، شماره 1، شهریور 1402، صفحه 117-131 اصل مقاله (1.55 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijpps.2023.358063.1007028 | ||
| نویسندگان | ||
| طاها رستمی1؛ صمد جمالی* 2 | ||
| 1گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه رازی، کرمانشاه، ایران. | ||
| 2گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه رازی، کرمانشاه، ایران | ||
| چکیده | ||
| شناسایی دقیق گونه‌های میزبان برای تشخیص بیماری و اتخاذ استراتژی صحیح مدیریت آن بسیار مهم است. گونه Paecilomyces formosus، عامل سرخشکیدگی و زوال بلوط، تهدیدی نوظهور است که ممکن است در آینده جنگلهای زاگرس ایران را در معرض خطر جدی قرار دهد. در این مطالعه از واکنش زنجیره‌ای پلیمراز تودرتو با جفت آغازگرهای اختصاصی PaMF و PaMR طراحی شده از مقایسه توالی‌های نوکلئوتیدی ناحیه نسخه برداری شده داخلی DNA ریبوزومی هسته‌ای (ITS) گونه P. formosus و سایر آرایه‌های نزدیک، برای تشخیص این گونه استفاده شد. برای این منظور نمونه‌برداری از درختان جنگلی با علائم سرخشکیدگی در دو استان کرمانشاه و ایلام صورت گرفت. جدایه‌های Paecilomyces با استفاده از ویژگی‌های ریخت‌شناختی، تولید اسید روی محیط کشت کراتین سوکروز آگار و توالی‌یابی ناحیه ITS-rDNA و قسمتی از ژن بتاتوبولین شناسایی گردیدند. با استفاده از واکنش زنجیره‌ای پلیمراز تودرتو، باند ۴۴۱ جفت بازی منحصراً از DNA ژنومی P. formosus تکثیر شد و هیچ باندی برای سایر گونه‌ها و از جمله گونه P. variotii مشاهده نشد. روش واکنش زنجیره‌ای پلیمراز تودرتو می‌تواند 100 پیکوگرم از DNA ژنومی P. formosus را ردیابی کند. شصت درخت از هفت منطقه درجنگل‌های زاگرس با علائم سرخشکیدگی مورد ارزیابی قرار گرفت که گونه‌های گیاهی کرف (Acer sp.)، بلوط لبنانی (Quercus libani)، کیکم (کرکو) (Acer monspessulanum)، کنار (Ziziphus spina-christi)، انجیر (Ficus carica)، پلت (Acer sp.)، تِنْگِس (Amygdalus lycioides)، گز (Tamarix ramosissima)، آلبالوی وحشی(Cerasus microcarpa) و گیلاس وحشی (Cerasus avium) برای اولین بار به‌عنوان میزبان‌های جدید برای P. formosus گزارش می‌شوند. تائید بیماریزایی جدایه‌ها با مایه زنی روی شاخه‌های بریده و شاخه‌های سالم درختان انجام شد. آغازگرهای اختصاصی طراحی شده در این تحقیق می‌تواند برای ردیابی سریع و مطمئن P. formosus، پایش همه‌گیری‌‌ها و اتخاذ استراتژی‌های صحیح مدیریتی در جنگلهای زاگرس مورد استفاده قرار گیرد. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| دامنه میزبانی؛ Paecilomyces maximus؛ سرخشکیدگی؛ جنگلهای بلوط | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Molecular diagnostics of Paecilomyces formosus in Zagros forests using species-specific primers | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Taha Rosati1؛ Samad Jamali2 | ||
| 1Department of Plant Protection, College of Agriculture, Razi University, Kermanshah, Iran | ||
| 2Department of Plant Protection, College of Agriculture, Razi University, Kermanshah, Iran | ||
| چکیده [English] | ||
| Accurate identification of the host species is critically important for disease detection and informing appropriate disease management decisions. Paecilomyces formosus, a causal agent of dieback and decline of oak, is an emerging threat that may cause severe risk to the Zagros forests of Iran in the future. In this study, a nested PCR assay for the identification of P. formosus was developed with the species-specific primer pairs PaMF and PaMR designed from the comparisons of nucleotide sequences of the nuclear ribosomal DNA internal transcribed space regions (ITS) from P. formosus isolates and other closely related taxa. To accomplish this, we sampled forest trees with dieback symptoms in Kermanshah and Ilam provinces. The Paecilomyces isolates were identified based on morphological characteristics, acid production on keratin sucrose agar medium, and sequencing of the ITS-rDNA region and part of the beta tubulin gene. Nested PCR was successfully amplified a 441 bp product exclusively from P. formosus genomic DNA, and no cross-reactions were observed with any other species, and also P. variotii. The nested PCR method can detect 100 fg of P. formosus genomic DNA. Sixty of symptomatic forest trees from seven locations in Zagros foreste were assayed, resulting in the discovery of Amygdalus lycioides, Cerasus avium, Cerasus microcarpa, Quercus libani, Acer spp., Acer monspessulanum, Ficus carica, Ziziphus spina-christi, Tamarix ramosissima and Ziziphus spina-christi as new host species, and all seven infested areas. To fulfill Koch’s postulates, the experiments were carried out on detached branches and attached healthy branches of trees at the forests in Kermanshah and Ilam provinces, Iran. The PCR-based method developed here can be used for a fast and reliable diagnosis of P. formosus, monitoring the epidemics, and assessing management strategies in Zagros forests. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| host range study, Paecilomyces maximus, dieback, Zagros forests | ||
| مراجع | ||
|
امینایی، محمدمهدی و ارشاد، جعفر (۱۳۶۸). بیماری سرخشکیدگی پسته در استان کرمان. نهمین کنگره گیاهپزشکی، مشهد، ایران. ص ۸۲.
قلیچی، مریم؛ محمدی، امیرحسین؛ حقدل، معصومه و اسکندری، محمد (۱۳۹۳). بررسی بیماریزایی Paecilomyces variotii، Stemphylium sp. و Nattrassia mangifera و تعیین بهینه درجه حرارت برای هر گونه. اولین کنگره پسته، کرمان، ایران. ص ۱۱۲.
حیدریان، رضا؛ فتوحی فر، خلیل؛ نیکخواه، محمدجوان، دبت، آلفونس و آنن، دوور (۱۳۹۴). فیلوژنی جنس پسیلومیسس، عامل سرخشکیدگی درختان پسته در ایران. دومین کنگره قارچ شناسی، دانشگاه تهران، کرج، ایران. ص ۳۰.
جمالی، صمد و بنی هاشیمی، ضیاالدین (۱۳۹۰). اولین گزارش از Byssochlamys spectabilis بعنوان فرم جنسی Paecilomyces variotii از ایران. رستنیها، (۲) ۱۲، 191-192. REFERENCES Aminaei, M.M. & Ershad, D. (1989). Pistachio dieback disease in Kerman province. P. 82 in Proceedings of 9th Iranian Plant Protection Congress, September 8–13, Mashhad, Iran (In Persian). Azizi, R., Ghosta, Y. & Ahmadpour, A. (2020). New fungal canker pathogens of apple trees in Iran. Journal of Crop Protection, 9(4), 669-681. Barker, A.P., Horan, J.L. Slechta, E.S. Alexander, B.D. & Hanson, K.E. (2014). Complexities associated with the molecular and proteomic identification of Paecilomyces species in the clinical mycology laboratory. Medical Mycology, 52(5), 537-45. Bauch, J., v. Hundt, H., Weissmann, G., Lange, W., & Kubel, H. (1991). On the causes of yellow discolorations of oak heartwood (Quercus Sect. Robur) during drying. Holzforsch, 45, 79–85. Butin, H. (1995). Tree diseases and disorders. Causes, biology and control in forest and amenity tress. Oxford University Press, Oxford. 252 p. Ghasemi-Sardareh, R., & Mohammadi, H. (2020). Characterization and pathogenicity of fungal trunk pathogens associated with declining of neem (Azadirachta indica A. Juss) trees in Iran. Journal of Plant Pathology, 102, 1159-1171. Ghelichi, M., Mohammadi, A., Haghdel, M., & Eskandari, A. (2012). Distribution of pistachio die-back in Khorasan-Razavi province and application of some fungicides for the disease control. Journal of Nuts, 3(02, 01), 23-28. Ghelichi, M, Mohammadi, A.H., Haghdel, M. & Eskandari, A. (2014). Investigation of pathogenicity of Paecilomyces variotii, Stemphylium sp. and Nattrassia mangifera and optimal growth temperature associated with each species. P. 112 in Proceedings of the 1st Congress of Pistachio, August 28–30, Kerman, Iran )In Persian(. Heidarian, R., Fotouhifar, K. Mohammadi, A., Javan-Nikkhah, M., Debets F. & Aanen, D. (2015). Phylogeny of genus Paecilomyces sp., the causal agent of pistachio die-back disease in Iran. P. 30 in Proceedings of 2nd Iranian Mycological Congress, August 23–25, University of Tehran, Karaj, Iran )In Persian(. Heidarian, R., Fotouhifar, K. B., Debets, A. J., & Aanen, D. K. (2018). Phylogeny of Paecilomyces, the causal agent of pistachio and some other trees dieback disease in Iran. PloS one, 13(7), e0200794. Houbraken J, Verweij, P.E. Rijs, A.J., Borman, A.M. & Samson, R.A. (2010). Identification of Paecilomyces variotii in clinical samples and settings. Journal of Clinical Microbiology, 48, 2754–2761. Inglis, P.W. & Tigano, M.S. (2006). Identification and taxonomy of some entomopathogenic Paecilomyces spp. (Ascomycota) isolates using rDNA-ITS sequences. Genetic and Molecular Biology, 29(1), 132-6. Jamali, S. & Banihashemi, Z. (2011). First report of Byssochlamys spectabilis as a teleomorph of Paecilomyces variotii from Iran. Rostaniha, 12(2), 191-192. )In Persian(. Jamali, S. & Banihashemi, Z. (2013). First report of Paecilomyces marquandii from Iran. Rostaniha, 13(2),207-10. )In Persian(. Jamali, S. (2020). First report of Paraconiothyrium fuckelii (Didymosphaeriaceae, Pleosporales), causing stem canker in Rosa hybrida, from Iran. Czech Mycology, 72, 71-82. Jamali, S. & Abbasi, S. (2022). First report of stinking bean trefoil (Anagyris foetida L.) dieback disease caused by Paecilomyces formosus in Iran. Journal of Plant Pathology, 105(1), 371-371. Jiménez-Fernández, D., Navas-Cortés, J. A., Montes-Borrego, M., Jiménez-Díaz, R. M., & Landa, B. B. (2011). Molecular and pathogenic characterization of Fusarium redolens, a new causal agent of Fusarium yellows in chickpea. Plant Disease, 95(7), 860-870. Kumar, S., Stecher, G. & Tamura, K. (2016). MEGA7, molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Molecular biology and evolution, 33(7), 1870-1874. Lekgari, L. (2010). Extraction of nucleic acids (DNA and RNA) from plant tissues. Available at, https,//www.biotecharticles.com/Biotech-Research-Article/Extraction- of- Nucleic- Acids- DNA- and- RNA- From- Plant- Tissues- 329.html . Accessed March 15, 2019. Martin-Sanchez, P. M., Gorbushina, A. A., Kunte, H. J., & Toepel, J. (2016). A novel qPCR protocol for the specific detection and quantification of the fuel-deteriorating fungus Hormoconis resinae. Biofouling, 32(6), 635-644. Mirabdollahi Shamsi, M., Akbarinia, M., Mirabolfathy, M., Manzari, S., & Ahmadikhah, A. (2019). Dieback and decline of wild almond (Amygdalus scoparia Spach) in the Harat protected forest of Yazd Province, Iran. Forest Pathology, 49(5), e12538. Mohammadi, H., & Sharifi, S. (2016). Association of Botryosphaeriaceae and Phaeoacremonium species with insect-damaged quince shoots. Journal of Plant Pathology, 35-42. Mozaffari, V., Malakuti, M., Khaldbarin, B., & Bybordi, M. (2005). Review several agents of pistachio dieback and control with optimal nutrition. Journal of Soil Science, 19(2), 154-164. Rostami, T., & Jamali, S. (2022). First report of dieback of Salix acmophylla caused by Paecilomyces formosus in Iran. Plant Disease, 106(9), 2518. Rostami, T., & Jamali, S. (2023). Characterization, pathogenicity and host range studies of Paecilomyces formosus associated with dieback of Christ's thorn trees (Paliurus spina‐christi Mill.) in Iran. Forest Pathology, e12790. Saeedi, S., & Jamali, S. (2021). Molecular characterization and distribution of Fusarium isolates from uncultivated soils and chickpea plants in Iran with special reference to Fusarium redolens. Journal of Plant Pathology, 103, 167-183. Sabernasab, M., Jamali, S., Marefat, A., & Abbasi, S. (2019). Molecular and pathogenic characteristics of Paecilomyces formosus, a new causal agent of oak tree dieback in Iran. Forest Science, 65(6), 743-750. Sabernasab, M., Jamali, S., Marefat, A., & Abbasi, S. (2020). Pathogenicity evaluation of pathogenic fungi causing of oak tree dieback in Kermanshah province. Iranian Journal of Plant Protection Science, 51(1), 79-92. Samson, R. A., Houbraken, J., Varga, J., & Frisvad, J. C. (2009). Polyphasic taxonomy of the heat resistant ascomycete genus Byssochlamys and its Paecilomyces anamorphs. Persoonia-Molecular Phylogeny and Evolution of Fungi, 22(1), 14-27. Thompson, J. D., Higgins, D. G., & Gibson, T. J. (1994). CLUSTAL W, improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Research, 22(22), 4673-4680.
Torabi, A., Bonjar, G.H. Abdolshahi, R, Pournamdari, M., Saadoun, I. & Barka, E.A. (2019). Biological control of Paecilomyces formosus, the causal agent of dieback and canker diseases of pistachio by two strains of Streptomyces misionensis. Biological Control, 137,104029. White, T.J., Bruns, T., Lee, S., & Taylor, J. (1990). Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. PCR Protocols, A Guide to Methods and Applications, 18, 315–322. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 804 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 193 |
||