پیوندهای مفید
اخبار و اعلانات
آمار
| تعداد نشریات | 158 |
| تعداد شماره‌ها | 6,232 |
| تعداد مقالات | 67,791 |
| تعداد مشاهده مقاله | 115,271,535 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 90,013,220 |
بررسی اثر تغییر واریانس باقیمانده پلی‌ژنی بر توانایی پیش بینی ارزش اصلاحی ژنومی نتاج آمیخته | ||
| علوم دامی ایران | ||
| مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 29 مهر 1402 اصل مقاله (1.27 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2023.359139.653946 | ||
| نویسندگان | ||
| سمیه بارانی1؛ سید رضا میرائی آشتیانی* 2؛ اردشیر نجاتی جوارمی1؛ هادی دکتر هادی اسفندیاری3؛ مجید خان سفید4 | ||
| 1گروه علوم دامی، دانشکده .کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران | ||
| 2گروه علوم دامی، دانشکدگان .کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران | ||
| 3سازمان ملی پرورش و اصلاح‌نژاد گاو گوشتی(TYR)، هامار، نروژ. | ||
| 4بخش تحقیقات کشاورزی، وزارت کشاورزی استرالیا ، ویکتوریا، باندورا، استرالیا گروه زیست شناسی سامانه های کاربردی، دانشگاه لاتروب، | ||
| چکیده | ||
| ارزیابی ژنومی نتاج آمیخته به دلیل محدودیت دسترسی به شجره، عدم اطلاعات ژنوتیپ و داده های عملکردی آن‌ها، معمولا بر اساس اطلاعات جمعیت‌های خالص والدینی با هدف بهبود عملکرد نتاج آمیخته انجام می‌گیرد. به کارگیری ارزیابی ژنومی تک‌مرحله‌ای (ssGBLUP) علی‌رغم استفاده همزمان از اطلاعات حیوانات تعیین -ژنوتیپ شده و فاقد ژنوتیپ برای افزایش توانایی پیش‌بینی، به دلیل عدم سازگاری ماتریس‌های خویشاوندی ژنومی و شجره‌ای، ممکن است موجب پراکندگی بیش از حد و اریب بالاتر از ارزش اصلاحی پیش‌بینی شده نسبت به روش BLUP شود. لذا در این مطالعه توانایی پیش‌بینی ارزش اصلاحی ژنومی افراد آمیخته بر اساس اطلاعات شبیه سازی شده جمعیت‌های خالص والدینی و نتاج آمیخته و با استفاده ازمدل ssGBLUP با در نظر گرفتن ترکیبات مختلف واریانس پلی‌ژنی باقیمانده، بررسی شده است. بر اساس نتیجه این پژوهش استفاده از مقادیر مختلف واریانس پلی‌ژنی باقیمانده (β) در ترکیب ماتریس خویشاوندی ژنومی و روابط شجره‌ای، تاثیر قابل ملاحظه‌ای بر صحت، اریب و پراکندگی پیش‌بینی ارزش‌اصلاحی ژنومی افراد آمیخته نداشت. بعلاوه در امتزاج ماتریس های ژنومی و خویشاوندی، مقادیر مختلف واریانس پلی‌ژنی (β) در مدت زمان رسیدن به نقطه همگرایی اثری نشان نداد. بنابراین برای سادگی بیشتر مدل، استفاده از حالت پیش‌فرض β (معادل 0.5) در تشکیل معکوس ماتریس خویشاوندی قابل توصیه می‌باشد. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| آمیخته گری؛ ارزیابی ژنومی تک‌مرحله‌ای؛ تخمین تورمی/رکودی در ارزیابی؛ شبیه‌سازی | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Effect of Residual Polygenic Variance on Predictive Ability of Breeding Values of Crossbred Progeny | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Somayeh Barani1؛ S Reza Miraei-Ashtiani2؛ Ardeshir Nejati-Javaremi1؛ Hadi Esfandyari3؛ Majid Khansefid4 | ||
| 1Department of Animal Science, College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Karaj, Iran | ||
| 2Department of Animal Science, College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Karaj, Iran | ||
| 3Norwegian Beef Cattle Organizations, TYR, Hamar, Norway | ||
| 4Agriculture Victoria Research, Bundoora, VIC 3083, Australia School of Applied Systems Biology, La Trobe University, Bundoora, VIC 3083, Australia | ||
| چکیده [English] | ||
| Genomic evaluation of crossbred progeny due to their limited pedigree and lack of genotyping and performance accessibility is inevitably based on the information from purebred parental populations to increase crossbred performance. Despite the fact that single-step genomic evaluation (ssGBLUP)method can use information from both genotyped and non-genotyped animals simultaneously, leading to more accurate genomic estimated breeding values, but due to the incompatibility of the genomic and pedigree relationship matrices, it might lead to dispersion (inflation/deflation) and bias in the estimated breeding values higher than that with the BLUP method. Therefore, in this study, the prediction ability of the genomic breeding value of crossbred progeny was investigated based on the ssGBLUP method and simulation data of the purebred parents and crossbred population, considering the different scaling factor of residual polygenic variance. Based on the results of this study, the use of different residual polygenic (β) variance to incorporate the genomic and pedigree relationship matrices did not considerably affect the accuracy, bias and dispersion of the predicted genomic breeding values in crossbred progeny. In addition, the effect of proportion of residual polygenic variance (β) in blending the genomic and pedigree relationship matrices does not significantly affect the convergence point. Therefore, to simplify the model, the default value of β (0.05) might be used in the inverse of the relationship matrix. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Crossbreeding, Single step genomic evaluation, Inflation/Deflation, Simulation | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 91 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 54 |
||