سامانه پشتیبانی خدمات اطلاعات

  اخبار و اعلانات

 آمار

تعداد نشریات161
تعداد شماره‌ها6,532
تعداد مقالات70,501
تعداد مشاهده مقاله124,092,736
تعداد دریافت فایل اصل مقاله97,196,828
رادپور, سوسن, بیگی نصیری, محمدتقی, مرادی, محمدحسین, اسمعیلی زاده کشکوئیه, علی. (1403). شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با ذخیره چربی در برخی از نژادهای گوسفند آسیایی و آفریقایی بر پایه روش نشانه های انتخاب. , (), -. doi: 10.22059/ijas.2024.374928.654010
سوسن رادپور; محمدتقی بیگی نصیری; محمدحسین مرادی; علی اسمعیلی زاده کشکوئیه. "شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با ذخیره چربی در برخی از نژادهای گوسفند آسیایی و آفریقایی بر پایه روش نشانه های انتخاب". , , , 1403, -. doi: 10.22059/ijas.2024.374928.654010
رادپور, سوسن, بیگی نصیری, محمدتقی, مرادی, محمدحسین, اسمعیلی زاده کشکوئیه, علی. (1403). 'شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با ذخیره چربی در برخی از نژادهای گوسفند آسیایی و آفریقایی بر پایه روش نشانه های انتخاب', , (), pp. -. doi: 10.22059/ijas.2024.374928.654010
رادپور, سوسن, بیگی نصیری, محمدتقی, مرادی, محمدحسین, اسمعیلی زاده کشکوئیه, علی. شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با ذخیره چربی در برخی از نژادهای گوسفند آسیایی و آفریقایی بر پایه روش نشانه های انتخاب. , 1403; (): -. doi: 10.22059/ijas.2024.374928.654010

شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با ذخیره چربی در برخی از نژادهای گوسفند آسیایی و آفریقایی بر پایه روش نشانه های انتخاب

علوم دامی ایران
مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 20 تیر 1403    اصل مقاله (1.08 M)
نوع مقاله: مقاله پژوهشی
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22059/ijas.2024.374928.654010
نویسندگان
سوسن رادپور1؛ محمدتقی بیگی نصیری1؛ محمدحسین مرادی* 2؛ علی اسمعیلی زاده کشکوئیه3
1گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان، ملاثانی، ایران.
2گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک، اراک، ایران
3بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی ,و منابع طبیعی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان. ایران
چکیده
پژوهش حاضر با هدف شناسایی مناطق ژنومی، ژن‌های کاندید و مسیرهای زیستی مؤثر بر ذخیره چربی در دنبه در برخی از نژادهای گوسفند آسیایی و آفریقایی بر اساس بررسی نشانه‌های انتخاب و آنالیز غنی‌سازی مجموعه‌های ژنی انجام شده است. بدین منظور، از مجموع اطلاعات ژنومی مربوط به 49034 جایگاه نشانگری SNP متعلق به 404 نمونه حیوان شامل 13 نژاد دنبه‌دار و 7 نژاد بدون دنبه، با ابعاد دنبه و دم نسبتاً مشابه که در مناطق مختلف آسیا و آفریقا پراکنش داشتند، استفاده شد. جهت بررسی نحوه قرار گرفتن حیوانات در گروه‌های نژادی خود از آنالیز مؤلفه‌های اصلی (PCA) و برای ردیابی نشانه‌های انتخاب مثبت از آزمون نااریب FST (تتا) استفاده شد. سپس ژن‌های گزارش شده در مناطق تحت انتخاب شناسایی گردید و آنالیز غنی‌سازی مجموعه ژنی با هدف شناسایی مسیرهای بیولوژیکی (و ژن‌های کاندیدای) مرتبط با ذخیره چربی انجام شد. آنالیز مؤلفه‌های اصلی (PCA) نشان داد که تمام حیوانات در گروه‌های نژادی خود قرار می‌گیرند و نژادهای دنبه‌دار و بدون دنبه را می‌توان بر اساس مؤلفه‌های مختلف از هم تفکیک نمود. در این پژوهش 19 منطقه ژنومی تحت انتخاب بین نژادهای دنبه‌دار و بدون دنبه شناسایی شد. بررسی ژن‌های گزارش شده در این مناطق منجر به شناسایی چندین مسیر بیولوژیکی (و ژن‌های کاندیدا) شد که به طور مستقیم یا غیر مستقیم با مورفولوژی دم (NDUFB، ANO4، ASXL2، ABHD2 و NID2)، اندازه دنبه (ACADL)، اسکلت و یا ساختار اندازه بدن (PDGFD، ACAN،HOXC ،HOXB ، BMP2 و (BMP4، پاسخ ایمنی (ATG5، IL4، IL5 و IL13) و تنظیم ملانوسیت‌ها (KITLG) مرتبط می‌باشند.
کلیدواژه‌ها
ژن‌های کاندید؛ شاخص تمایز جمعیتی؛ گوسفندان آسیایی؛ گوسفندان آفریقایی؛ نشانه‌های انتخاب
عنوان مقاله [English]
Identification of Genomic Regions Associated with Fat Deposition in Some Asian and African Sheep Breeds Based on Selection Signature
نویسندگان [English]
Susan Radpour1؛ Mohammad Taghi Beigi Nassiri1؛ Mohammad Hossein Moradi2؛ Ali Esmailizadeh3
1Department of Animal Science, Faculty of Animal science and Food Technology, Agricultural Science and Natural Resources University of Khuzestan, Mollasani, Iran.
2Department of Animal Science, Faculty of Agriculture and Natural Resources, Arak University, Arak, Iran
3Department of Animal Science, Faculty of Agriculture and Natural Resources, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, Iran
چکیده [English]
This study aimed to identify genomic regions, candidate genes, and biological pathways associated with fat deposition in some Asian and African sheep breeds based on selection signatures method and gene set enrichment analysis. A total of 49,034 SNP markers data obtained from 404 animal samples, including 13 fat-tailed and 7 thin-tailed sheep breeds with relatively similar tail and fat-tail dimensions distributed across different regions of Asia and Africa, were used. Principal component analysis (PCA) was utilized for assessing the clustering of animals into their true population, and FST (Theta) statistics was employed for detecting of positive selection signatures. Subsequently, genes reported in the selected regions were identified, and gene set enrichment analysis was performed to identify biological pathways (and candidate genes) associated with fat deposition. PCA analysis showed that all animals clustered into their respective breed groups, and thin and fat tailed sheep breeds could be separated based on different components. In this study, 19 genomic regions were identified to be under selection between thin and fat tailed sheep breeds. Investigation of reported genes in these regions led to the identification of several biological pathways (and candidate genes) directly or indirectly associated with tail morphology (NDUFB, ANO4, ASXL2, ABHD2, and NID2), fat-tail size (ACADL), skeletal or body size (PDGFD, ACAN, HOXC, HOXB, BMP2, and BMP4), immune response (ATG5, IL4, IL5, and IL13), and melanocyte regulation (KITLG).
کلیدواژه‌ها [English]
Candidate genes, Population differentiation index, Asian sheep, African sheep, Selection signatures
مراجع
آمار
تعداد مشاهده مقاله: 132
تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 14


سامانه مدیریت نشریات علمی. قدرت گرفته از سیناوب